LeDNA
protocole traduit par Maurice (dessous)
(malheureusement le pdf de protocole a l'ADN à l'envers dans leur logo - la responsable a été notifiée...)
Une grande journée autour le lac était poursuivi par Maurice et Rachel le 22mai24 - de Chens-Sur-Léman (FR) à Montreux.
8 lieux était échantillonnés:
lieu (rivière la plus près)
1) Chens-Sur-Léman (Hermance)
2) Genève (Rhone)
3) Versoix (Versoix)
4) Nyon (Boiron)
5) Rolle (Ruisseau de Famolens)
6) Morges (Morges)
7) Préverenges (Venoges)
8) Montreux Vernex (VNX de nos études précedents - assez loin de 'rivières' Baye de Clarens et de Montreux)
Pour chaque lieu, vers 2L était filtré, mais avec l'eau de la plage de Préverenges, la filtre était presque bloquée. Donc, on n'a pas fait Lausanne et Vevey, mais a fini en Montreux...
De chaque lieu une autre échantillonne était prise pour faire les R-Cards microbio.
Le données de colonies chromogeniques seront mises ici.
(Sequençages dans le cadre de LeDNA sont prévus pour animaux et plantes - peut-être pas pour les microbes...)
Traduction de protocole:
Mesure globale de la biodiversité en prélevant l’ADN
environnemental des lacs.
LeDNA : Global measure of biodiversity by sampling environmental DNA from lakes
Protocole d’échantillonnage d’ADN environnemental
Environmental DNA sampling protocol
Page 1 : Aperçu général.
Le prélèvement de l’ADN environnemental d’un lac exige de filtrer 30 litres d’eau de surface
collectés sur de nombreux sites de prélèvement le long de la rive. Avec un maximum de 10
sites distribués autour du lac., l’objectif est de de prélever de l’eau du lac près des principaux
affluents du lac, et si possible près de la sortie du lac.
L’échantillonnage est fait avec un filtre unique, et permettra de faire un échantillon par lac,
mais avec de l’eau provenant de différents endroits. Le volume total d’eau à échantillonner
devrait être réparti à travers les sites. C’est pourquoi il est important de savoir où faire les
prélèvements avant de les faire. Si le lac a moins de 10 affluents, ou si l’accès au lac est
interdit, il sera permis d’échantillonner moins de sites. Si par exemple, le site n’a que deux
affluents, il faudrait filtrer 10 litres d’eau près de chaque rivière et 10 litres près de la sortie.
Notre kit d’échantillonnage est formé d’une cartouche standard (Figure 1) faite pour la
filtration de grands volumes, et d’un filtre de 5 µm. Ce système de filtration est efficace pour
des volumes d’eau jusqu’à 40 litres. Le volume recommandé est de 30 litres. Si l’eau est très
chargée en particules suspendues et d’algues, on ne pourra filtrer qu’un faible volume d’eau,
qui doit être redistribué sur tous les sites. Si l’eau passe mal à travers le filtre, et qu’il devient
très dur d’y pomper de l’eau, cela signifie que le filtre est bouché, on se bornera à reporter
le volume filtré. L’eau filtrée est récoltée dans un baquet de 3 L qui vous est fourni. Si on ne
récolte que la moitié d’eau, on récoltera les mêmes 1.5 L à chaque site de prélèvement. Une
estimation à ± 1 litre est d’une précision suffisante.
Page 2 : Important.
1) Lire soigneusement le protocole d’échantillonnage.
2) En cas de questions, se référer au matériel de formation suivant :
Sampling video, FAQ
3) Lire la feuille d’échantillonnage. Imprimez-la si vous n’avez pas accès à Internet.
4) Le matériel a été lavé à la Javel et traité UV., Ne pas utiliser les kits d’échantillons
5) Il n’est pas nécessaire de mesurer la température, le pH, la teneur en O2, etc. Mais si
vous voulez le faire, faites ces mesures sur l’eau qui a filtré, et indiquer l’unité de
mesure
6) Prenez du papier de toilette avec vous pour sécher le matériel à la fin.
Kit d’échantillonnage pour un lac.
Contrôlez que vous avez reçu le matériel suivant (Figure 2):
- Un baquet de 3 litres
- Une pompe à main servant à filtrer l’eau
- Un gros sac de plastique contenant
o une cartouche de filtre nylon (Figure 1),
o deux tuyaux d’arrosage de 25 cm,
o deux paires de gants nitrile
- Un petit sac plastique contenant
o 1 paire de gants nitrile,
o un tube de plastique de 50 mL contenant 25 mL de tampon,
o 1 tube plastique de 15 mL avec un couvercle rouge.
Page 3. Quand vous arrivez sur un site de mesure.
1. Utiliser le QR code ou le lien fourni dans la feuille d’échantillonnage pour enregistrer
l’information pendant le prélèvement. Mais vous pouvez faire ce travail plus tard.
2. Enregistrer le Hylak_id spécifique de votre lac, qui se trouve au point 2 sur la feuille
d’échantillonnage. Ce numéro Hylak_id se trouve aussi sur la table reçue au
préalable.
3. Relever le numéro qui se trouve sous le code barre du couvercle du baquet (point 3
de la feuille d’échantillonnage).
4. Enregistrer les coordonnées du site (point 5 de la feuille d’échantillonnage).
Prise de l’échantillon
5. Ouvrir le gros sac plastique, et enfiler la paire de gants pour prévenir la
contamination de l’eau par l’ADN humain.
6. Rincer trois fois le baquet avec de l’eau du lac.
7. Collecter 3 litres d’eau du lac avec le baquet. Eviter le contact avec l’eau. Eliminer
l’eau si elle contient de gros débris. Prélever un autre échantillon. Si l’eau est trouble,
réduire le volume prélevé. Mais en prélever la même quantité sur les autres sites.
8. Assembler la cartouche du filtre, et pomper à la main, en insérant l’adaptateur dans
l’entrée de la pompe, près de la poignée de la pompe,
Page 4.
9. Fixer le tuyau d’arrosage à la sortie de la cartouche filtre (bout noir)
10. Insérer l’autre bout du tuyau d’arrosage dans l’eau du baquet. Dès cet instant, il n’est
plus nécessaire de garder les gants.
11. Pousser et tirer la poignée de la pompe pour envoyer l’eu à travers le filtre.
Attention ! L’eau filtrée ne doit pas revenir dans le baquet.
12. A la fin, séparer la cartouche filtre de la pompe, et enlever le tuyau de PVC.
13. Secouer et chasser prudemment l’excès d’eau présente dans la cartouche.
14. Déposer la cartouche et le tuyau plastique dans le sac1. Mettre le tout dans le baquet
et aller dans le site de prélèvement suivant.
15. Répéter les points 4 à 14 dans le prochain site.
Préparation de l’échantillon de DNA
16. A la fin du dernier prélèvement, une fois que la dernière eau est filtrée, enlever le
tuyau d’arrosage. Puis démonter la cartouche de filtre de la pompe à main
17. Ouvrir le petit sac plastique, et mettre une paire de gants frais.
18. Dévisser l’adaptateur du couvercle de l’unité de filtre.
Page 5.
19. Visser le couvercle rouge, provenant du sac plastique 2, sur le couvercle de l’unité de
filtre.
20. Dévisser le couvercle de l’unité de filtre, et séparer du boîtier du filtre.
21. Déplacer et insérer l’unité filtre dans le tub de buffer de 50 mL.
22. Agiter le tube de 50 mL pour être sûr que le filtre et couvert par le tampon.
23. Placer le tube de 50 mL, avec le filtre à l’intérieur, dans le petit sac plastique.
Conserver le tout à l’abri de la lumière et à température ordinaire.
24. Placer tout dans le baquet,
25. Envoyer le tout à :
Catia Lucia Pereira
ETHZ, Dept of Environmental Systems Science
Institut od Biogeochemistry and Pollution Dynamics (IBP)
Universitàtsgtrasse 16, G50.4
8092 Zurich
+41 44 632 34 37