OGMinact validation - Revision history

Rachel at 07:58, 1 December 2023

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	Une validation similaire a été effectuée avec des cultures transformées de ''C. elegans'' 'worms', mise [[Validations nematodes\|sur une nouvelle page]].		Une validation similaire a été effectuée avec des cultures transformées de ''C. elegans'' 'worms', mise [[Validations nematodes\|sur une nouvelle page]].
		+
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		+	Un [[Rapport inactOGM\|rapport plus formel des tests]] de validation est également disponible.

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 ([[Validated GMO inactivation|versionEN]])
-Afin de valider plus formellement l'inactivation habituelle des OGM réalisée avec de l'eau de Javel pour l'élimination des plaques et des cultures, nous ajoutons cette page. Cette validation a été effectuée avec deux marques d'eau de Javel commerciale et s'applique à la fois aux bactéries OGM et aux vers nématodes transformés avec des plasmides résistants aux antibiotiques. Elle est directement spécifique à [https://drive.google.com/file/d/1_db3H7Ybm_kd7yV-wnMKF55Snr805TAp/view?usp=sharing cette procédure opératoire standadisée (SOP)] de la collection du laboratoire.
+Afin de valider plus formellement l'inactivation habituelle des OGM réalisée avec de l'eau de Javel pour l'élimination des plaques et des cultures, nous ajoutons cette page.Cette validation a été effectuée avec de l'eau de Javel commerciale (Coop 'Prix Garantie') et s'applique à la fois aux bactéries OGM et aux vers nématodes transformés avec des plasmides résistants aux antibiotiques. Elle est directement spécifique à [https://drive.google.com/file/d/1_db3H7Ybm_kd7yV-wnMKF55Snr805TAp/view?usp=sharing cette procédure opératoire standadisée (SOP)] de la collection du laboratoire.
 Comme toujours, les précautions à prendre lors de l'utilisation de l'eau de Javel et les équipements de protection individuelle appropriés (blouse, gants et protection des yeux) sont des éléments essentiels de cette méthode d'inactivation.

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-Ensuite, après avoir attendu 5 minutes supplémentaires, quelques ml du liquide de chaque plaque ont été récupérés dans de petits tubes coniques (15 ml) à l'aide de pipettes sérologiques stériles et de la vieille pipette Drummond. Sur la plaque 1, toutes les colonies semblaient complètement dissoutes par l'eau de Javel non diluée, mais la plaque 2 avec 1/10 d'eau de Javel et la plaque 3, avec seulement de l'eau, présentaient encore des colonies intactes, comme montré.
+Ensuite, après avoir attendu 5 minutes supplémentaires, quelques ml du liquide de chaque plaque ont été récupérés dans de petits tubes coniques (15 ml) à l'aide de pipettes sérologiques stériles et de la vieille pipette Drummond. Sur la plaque 1, toutes les colonies semblaient complètement dissoutes par l'eau de Javel non diluée, mais la plaque 2 avec 1/10 d'eau de Javel et la plaque 3, avec seulement de l'eau, présentaient encore des colonies intactes, comme montré dessous.
 [[File:Plate1.jpg|center|thumb|Après le traitement, les colonies de la plaque 1 ont été dissoutes par l'eau de Javel.]]
 [[File:Plate2.jpg|center|thumb|Après un traitement à l'eau de Javel 1/10, les colonies étaient encore visibles.]]
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 À partir des liquides récupérés, trois autres plaques fraîches ont été réalisées en inoculant 50ul de chaque liquide prélevé après le traitement, comme indiqué.
 [[File:Inocs valids.jpg|center|thumb|Après le traitement, de nouvelles inoculations ont été effectuées en trois exemplaires sur de nouvelles plaques à partir de chacun des liquides.]]
-Après tout cela, on a répété l'inactivation des trois plaques initiales, conformément au mode opératoire normalisé, en ajoutant 100 % de javel sur les plaques 2 et 3 (surtout parce qu'il était clair que même la solution à 1/10 ne dissolvait pas les colonies, comme le fait la solution à pleine puissance). Les liquides ont été inactivés avec de l'eau de Javel fraîche pour être éliminés, et le plateau de nettoyage a été soigneusement lavé dans le grand évier, comme d'habitude (à l'arrière, dans l'espace intermédiaire de Polymeka).
+Après tout cela, on a répété l'inactivation des trois plaques initiales, conformément au procédure opératoire standardisée, en ajoutant 100 % de javel sur les plaques 2 et 3 (surtout parce qu'il était clair que même la solution à 1/10 ne dissolvait pas les colonies, comme le fait la solution à pleine puissance). Les liquides récupérés dans les tubes ont été aussi inactivés avec de l'eau de Javel fraîche pour être éliminés, et le plateau de nettoyage a été soigneusement lavé dans le grand évier, comme d'habitude (à l'arrière, dans l'espace intermédiaire de Polymeka).
-Les 9 nouvelles plaques ont été incubées pendant la nuit à 37oC et leur croissance a été vérifiée.
+Les 9 nouvelles plaques ont été incubées pendant la nuit à 37<sup>o</sup>C et leur croissance a été vérifiée.
 '''En fin de compte, [https://www.evernote.com/shard/s586/sh/9e3be51e-434c-6b7d-25ed-ecb34b5bfe2a/HNkV4W3AW3UMJNqd7--KWVclJ5uwYYFC3Xq7oAL2MPJkgITpTeUvG5wErw l'expérience a très bien validé notre méthode d'inactivation ordinaire], mais nous a réservé quelques surprises.'''
-Aucune colonie n'a été trouvée sur les nouvelles plaques en trois exemplaires, que ce soit pour la première ou la deuxième condition de traitement.  Le fait que la condition 2 ait si bien fonctionné, ne donnant pas non plus de colonies sur ces plaques secondaires, puisque les colonies originales ne se sont pas dissoutes avec 1/10 de javel, a été assez surprenant. (En termes de réduction des risques, cependant, il semble toujours préférable d'utiliser de l'eau de Javel à 100 %, comme dans le procédure opératoire standardisée). Seul le traitement à l'eau a permis la croissance sur les nouvelles plaques.
+Aucune colonie n'a été trouvée sur les nouvelles plaques en trois exemplaires, que ce soit pour la première ou la deuxième condition de traitement.  Le fait que la condition 2 ait si bien fonctionné, ne donnant pas non plus de colonies sur ces plaques secondaires, puisque les colonies originales ne se sont pas dissoutes avec 1/10 de javel, a été assez surprenant. (En termes de réduction des risques, cependant, il semble toujours préférable d'utiliser de l'eau de Javel à 100 %, comme dans le procédure opératoire standardisée). Seul le traitement à l'eau (troisième condition de traitement) a permis la croissance des colonies sur les nouvelles plaques.
 Voici une image des 9 plaques, en lumière ordinaire.
-[[File:Validated.jpg|center|thumb|Toutes les plaques secondaires, après incubation pendant la nuit.]]Voici l'image de fluorescence (piles de 3 plaques).
+[[File:Validated.jpg|center|thumb|Toutes les plaques secondaires, après incubation pendant la nuit.]]Voici l'image de fluorescence (piles de 3 plaques emsemble, ici).
 [[File:Fluorafter.jpg|center|thumb|Des colonies fluorescentes n'ont été trouvées que dans la culture traitée avec de l'eau uniquement.]]
 Aucune colonie n'a été observée sur ces plaques secondaires exposées à l'eau de Javel, même à partir du liquide récupéré sur la plaque traitée avec 1/10 d'eau de Javel.
-Nous notons [https://www.evernote.com/shard/s586/sh/9e3be51e-434c-6b7d-25ed-ecb34b5bfe2a/HNkV4W3AW3UMJNqd7--KWVclJ5uwYYFC3Xq7oAL2MPJkgITpTeUvG5wErw dans l'expérience] que nous aurions également pu essayer de récupérer des plasmides à partir des liquides traités, mais que ce test supplémentaire ne fournirait des informations très utiles que si de très bonnes cellules compétentes étaient utilisées. (une sorte de gaspillage)
+Nous notons [https://www.evernote.com/shard/s586/sh/9e3be51e-434c-6b7d-25ed-ecb34b5bfe2a/HNkV4W3AW3UMJNqd7--KWVclJ5uwYYFC3Xq7oAL2MPJkgITpTeUvG5wErw dans l'expérience] que nous aurions également pu essayer de récupérer des plasmides à partir des liquides traités, mais que ce test supplémentaire ne fournirait des informations très utiles que si de très bonnes cellules <nowiki>''compétentes''</nowiki> étaient utilisées (une sorte de gaspillage).
 L'absence de croissance de nouvelles colonies, même pour le traitement 1/10, semble tout à fait acceptable...
 [[File:Final inact.jpg|thumb|Inactivation comme d'habitude, à la fin de l'expérience.]]
-Enfin, toutes les plaques secondaires ont été inactivées comme d'habitude, conformément au procédure opératoire standardisée, avant d'être jetées à la poubelle pour l'incineration (une dernière photo ici).
+Enfin, toutes les plaques secondaires ont été inactivées comme d'habitude, conformément au procédure opératoire standardisée, avant d'être scellés et jetées à la poubelle pour l'incineration (une dernière photo ici).
-Une validation similaire a été effectuée avec des cultures transformées de ''C. elegans'' 'worms', à mettre [[Validations nematodes|sur une nouvelle page]].
+Une validation similaire a été effectuée avec des cultures transformées de ''C. elegans'' 'worms', mise [[Validations nematodes|sur une nouvelle page]].

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	Enfin, toutes les plaques secondaires ont été inactivées comme d'habitude, conformément au procédure opératoire standardisée, avant d'être jetées à la poubelle pour l'incineration (une dernière photo ici).		Enfin, toutes les plaques secondaires ont été inactivées comme d'habitude, conformément au procédure opératoire standardisée, avant d'être jetées à la poubelle pour l'incineration (une dernière photo ici).

−	Une validation similaire a été effectuée avec des cultures transformées de C. elegans '~~worm~~', à mettre [[Validations nematodes\|sur une nouvelle page]].	+	Une validation similaire a été effectuée avec des cultures transformées de ''C. elegans'' 'worms', à mettre [[Validations nematodes\|sur une nouvelle page]].

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 '''En fin de compte, [https://www.evernote.com/shard/s586/sh/9e3be51e-434c-6b7d-25ed-ecb34b5bfe2a/HNkV4W3AW3UMJNqd7--KWVclJ5uwYYFC3Xq7oAL2MPJkgITpTeUvG5wErw l'expérience a très bien validé notre méthode d'inactivation ordinaire], mais nous a réservé quelques surprises.'''
-Aucune colonie n'a été trouvée sur les nouvelles plaques en trois exemplaires, que ce soit pour la première ou la deuxième condition de traitement.  Le fait que la condition 2 ait si bien fonctionné, ne donnant pas non plus de colonies sur ces plaques secondaires, puisque les colonies originales ne se sont pas dissoutes avec 1/10 de javel, a été assez surprenant. (En termes de réduction des risques, cependant, il semble toujours préférable d'utiliser de l'eau de Javel à 100 %, comme dans le mode opératoire normalisé). Seul le traitement à l'eau a permis la croissance sur les nouvelles plaques.
+Aucune colonie n'a été trouvée sur les nouvelles plaques en trois exemplaires, que ce soit pour la première ou la deuxième condition de traitement.  Le fait que la condition 2 ait si bien fonctionné, ne donnant pas non plus de colonies sur ces plaques secondaires, puisque les colonies originales ne se sont pas dissoutes avec 1/10 de javel, a été assez surprenant. (En termes de réduction des risques, cependant, il semble toujours préférable d'utiliser de l'eau de Javel à 100 %, comme dans le procédure opératoire standardisée). Seul le traitement à l'eau a permis la croissance sur les nouvelles plaques.
 Voici une image des 9 plaques, en lumière ordinaire.

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	Voici une image des 9 plaques, en lumière ordinaire.		Voici une image des 9 plaques, en lumière ordinaire.
−	[[File:Validated.jpg\|center\|thumb\|Toutes les plaques secondaires, après incubation pendant la nuit.]]	+	[[File:Validated.jpg\|center\|thumb\|Toutes les plaques secondaires, après incubation pendant la nuit.]]Voici l'image de fluorescence (piles de 3 plaques).
		+	[[File:Fluorafter.jpg\|center\|thumb\|Des colonies fluorescentes n'ont été trouvées que dans la culture traitée avec de l'eau uniquement.]]
		+	Aucune colonie n'a été observée sur ces plaques secondaires exposées à l'eau de Javel, même à partir du liquide récupéré sur la plaque traitée avec 1/10 d'eau de Javel.
		+
		+	Nous notons dans l'expérience que nous aurions également pu essayer de récupérer des plasmides à partir des liquides traités, mais que ce test supplémentaire ne fournirait des informations très utiles que si de très bonnes cellules compétentes étaient utilisées. (une sorte de gaspillage)
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		+	L'absence de croissance de nouvelles colonies, même pour le traitement 1/10, semble tout à fait acceptable...
		+	[[File:Final inact.jpg\|thumb\|Inactivation comme d'habitude, à la fin de l'expérience.]]
		+	Enfin, toutes les plaques secondaires ont été inactivées comme d'habitude, conformément au procédure opératoire standardisée, avant d'être jetées à la poubelle pour l'incineration (une dernière photo ici).
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		+	Une validation similaire a été effectuée avec des cultures transformées de C. elegans 'worm', à mettre [[Validations nematodes\|sur une nouvelle page]].

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	Voici une image des 9 plaques, en lumière ordinaire.		Voici une image des 9 plaques, en lumière ordinaire.
		+	[[File:Validated.jpg\|center\|thumb\|Toutes les plaques secondaires, après incubation pendant la nuit.]]

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 Ces plaques sont montré ci-dessous :
 [[File:Colonies for inactivation test.jpg|center|thumb|Plaques utilisées pour la validation des colonies bactériennes]]
-[[File:Fluorbacts.jpg|center|thumb|fluorescence des colonies pJAMA-GFP pour le test d'inactivation]]
+[[File:Fluorbacts.jpg|center|thumb|fluorescence des colonies pJAMA-GFP pour le test d'inactivation]]Pour obtenir l'image de fluorescence, nous avons utilisé notre "trans-illuminateur DIY" avec des LED bleues brillantes et un filtre ambre (placé devant l'appareil photo d'un téléphone).

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	Ces plaques sont montré ci-dessous :		Ces plaques sont montré ci-dessous :
	[[File:Colonies for inactivation test.jpg\|center\|thumb\|Plaques utilisées pour la validation des colonies bactériennes]]		[[File:Colonies for inactivation test.jpg\|center\|thumb\|Plaques utilisées pour la validation des colonies bactériennes]]
		+	[[File:Fluorbacts.jpg\|center\|thumb\|fluorescence des colonies pJAMA-GFP pour le test d'inactivation]]