Hackuarium - User contributions [en]

Openhackuarium vol. 83

2016-01-27T16:44:34Z

Jsobel: /* Presentations */

'''[[Open_Hackuarium|#OpenHackuarium]] no. 83''' 
* Main language this week: '''English''' 
* Date : '''Wed., Feb. 3rd, 2016. Doors opening 7pm''', presentations at 7.30pm

== Presentations ==

'''Biodesign.cc Winterschool'''

Participants to this week-long event will present their activities.

More information [http://wiki.biodesign.cc/wiki/Winter_School here].

'''“E-Zetoon- the social network of the educational connected trees” based on high-tech [cloud]'''

Sara Benmohammed will present E-Zetoon

A short description by her:

-The E-Zetoon project was thought by Mehdi Karim who is the responsible of Makerium in Casablanca.
Makerium is a platform powered by a large group of technologist that increases knowledge, sharing and adoption of what works to generalize technology.
Makerium was financed by the American ambassy. It already has projects in collaboration with the American ambassy and pharmaceutical laboratories.

-The idea is to use a database (example: MySQL, ...) stored in the cloud open source (example: openstack, …easy access to the data and storage).
The database would be filled and then updated automatically by data (temperature, Azote, Oxygene, sun, localisation, ...) coming from sensors (low cost) with the help of an algorithm.

'''Circadian Life : A Smartphone App to study our daily activity'''

Since the dawn of time, the earth rotation on its axis and around the sun imposes to all living creatures daily changes and seasonal variations. These changes imply light-dark cycles, temperatures changes, and food availability or predators presence. In an evolutionary scale, all living creatures needed to anticipate those changes in order to develop an efficient survival strategy. In humans our internal clock control several behaviors, such as sleep-wake cycle, food intake, hormonal cycle, and immunity. Thus, it’s essential to understand our rhythm on a daily basis for increasing our ability to live in a healthy state. Nowadays, the field of chronobiology is evolving, and its latest developments are important in chrono-therapy (when should one take a specific drug to fight a disease more efficiently) and chrono-nutrition (when should one eat to stay in a healthy state).

The goal of this smartphone app is to record our activity through the phone sensors as accelerometer, light and GPS in an automatized manner. The personal data will be accessible to each user, in order to understand their own rhythm and anonymized for population scale analysis. In addition we, provide some thematic survey in order to know the age, sex, height, and weight of each user, and other relevant information for our statistical analysis. We will develop and include other functionalities in the future such as compatibility with wearables and other surveys about emotions, or food intake.

Link to App prototype (for android only):
[http://upnaesrv2.epfl.ch/circadian.life.apk Circadian Life]

Main Page

2016-01-06T15:52:35Z

Jsobel: /* Projets Actifs */

Bienvenue sur le '''wiki''' de l'association [http://www.hackuarium.ch/ Hackuarium]

<div>
''[[Hackuarium | Click here to view the english version of this wiki.]]''
</div>

Notre communauté regroupe les curieux et les bricoleurs de la région Lausannoise dans un laboratoire ouvert et citoyen situé avec d'autres activités au sein de [[UniverCité]], à Renens, une ville de Suisse Romande.

La matière vivante est de plus en plus facilement cultivable, modulable, modifiable. Entre science et design, innovation et création artistique, Hackuarium est une rencontre entre des scientifiques et de citoyens de la région lausannoise qui veulent promouvoir ou pratiquer la biologie DIY dans un lieu qui offre à chacun la possibilité de découvrir, d’expérimenter et de contribuer ses compétences dans un laboratoire communautaire.

Comme vous pouvez le voir, cette page est en chantier et a été construite pendant le [[1st_Ever_Hackuarium_Wiki_Sprint | 1er Hackuarium Wiki Sprint]] qui a eu lieu le 7 décembre 2014 à UniverCité.
Le membre du [[Working Group | groupe de travail]] qui peut vous aider à commencer à contribuer en cas de besoin et la personne de contact du [[Board | comité]] pour nos outils en ligne est [[User:Sam | sam]]. Tout le groupe de travail est joignable rapidement via [[Slack]] sur [#wg-doc]. 

__TOC__

== La Biologie Do-it-Yourself ==
Qu'est que la biologie Do-It-Yourself (DIY bio)? 

== L'Association Hackuarium ==
Hackuarium est une communauté de bricoleurs passionnés constituée en association. L'assemblée constitutive a eu lieu le 13 août 2014.

Nos membres pratiquent une science ouverte et participative, en dehors des institutions traditionnelles, dans le respect de la [http://diybio.org/codes/draft-diybio-code-of-ethics-from-european-congress/ charte éthique] du mouvement DIYbio EU. Nous favorisons par tous les moyens l'interdisciplinarité, et nos projets sont portés aussi bien par des scientifiques que par des citoyens architectes, designers, informaticiens, journalistes ou retraités.
Nos projets préférés incluent la plupart du temps une approche à bas coût (low-cost) et la technologie la plus simple possible (low-tech). Nous nous inscrivons également dans une démarche d'upcycling de matériel mis au rebut par les laboratoires de la région.

Notre laboratoire est ouvert à tous ceux qui partagent nos valeurs et se situe à Renens, au sein d'UniverCité, un lieu d'innovation inauguré le 26 mai 2014. 

== Qui sommes-nous? ==

Notre communauté est le pilier de l'association Hackuarium. Nos membres, au passé varié et aux motivations multiples vivent à Lausanne et dans ses environs. 

=== Membres ===
Etre membre de Hackuarium aujourd'hui implique payer une cotisation mensuelle. 
Les membres aimeraient se présenter dans une page personnelle. 
Des informations suivront. 

=== Comité ===
Le [[Board|comité de l'association]] Hackuarium est aujourd'hui composé de: 
* Luc Henry, Président-trésorier
* Yann Heurtaux, Vice-Président
* Michal Masternak, Secrétaire
* Yann Pierson, Lab Manager
* Jonathan Sobel, Membre
* Ana Roldan, Membre
* Sam Sulaimanov, Membre
* Clément Drevot, Membre
* Vanessa Lorenzo, Membre
* Anne-Laure Pittet, Membre

L'agenda de la dernière rencontre du comité est disponible [[20151128_Board_Meeting | ici]].

=== Les amis d'Hackuarium ===
::<li>[http://www.univercite.ch UniverCité]
::<li>[[Exodes_Urbains | Exodes Urbains]]
 

== [[Environment | Où travaillons-nous?]] ==
Notre laboratoire communautaire se situe à Renens en Suisse, dans une commune de la région lausannoise en plein développement.
Hackuarium est situé dans le bâtiment IRL et fait partie d'[http://www.univercite.ch Univercité], un espace d'innovation abritant plusieurs associations, startups, etc.

== Evénements ==
=== Evénements à venir ===

::<li>'''Tous les mercredi, 19:00-23:00''' #OpenHackuarium: le laboratoire est ouvert au public
::<li>'''2016.06.14''' Tuesday SAVE THE DATE''' [http://opendata.ch/2015/11/opendata-ch2016-am-14-juni-in-lausanne/ Opendata.ch/2016 Conference], Casino de Montbenon, Lausanne.
::<li>'''2016.01.20''' Mercredi 19:30-20:30: [[20160120_General_Assembly | Assemblée Générale]] de l'association Hackuarium. Membres et non-membres bienvenus!
::<li>'''2016.01.16-17''' Encore un week-end dédié au projet d'innovation biomusicale avec le projet [[Living_Instruments| Living Instruments]].
::<li>'''2016.02.06, 19:30-21:00''' Visite de [http://wiki.biodesign.cc/wiki/Main_Page Winterschool] au Open Hackuarium.

=== Evénements passés ===
::<li>'''2015.12.09''' Wednesday 19:30-21:00: [[Openhackuarium_vol._75 | Openhackuarium vol. 75]] avec une presentation du projet beMap.
::<li>'''2015.12.02''' Mercredi 19:30-21:00: [[Openhackuarium_vol._74 | Openhackuarium vol. 74]] avec des presentations de projets open source!
::<li>'''2015.11.28''' Saturday 9:30-15:30: [[DNA_Party_workchoppe_vol.2 | Le workchoppe]]. Inscrivez-vous! Les places sont limitées.
::<li>'''2015.11.26''' Jeudi 19:30-21:00: [[20151128_Board_Meeting | Séance du comité]]
::<li>'''2015.11.05''' Jeudi 19:00-22:00: Lausanne Open Data vol. 3 [[Data_sharing_-_Lausanne_Open_Data_Meetup | Special meetup on Biomedical Data & Ethics]] ([http://www.meetup.com/Lausanne-Open-Data-Meetup/events/223791979/ | more here])
::<li>'''2015.10.28''' Mercredi 19:30-23:00: [[Openhackuarium_vol._69 |#OpenHackuarium vol. 60]] [http://hackteria.org Hackteria]: DIY bio in Indonesia and the Biology of cheese and wine. Dans le cadre d'une semaine avec les étudiants de la [http://www.hesge.ch/head/en HEAD]: [http://hackteria.org/wiki/The_Art_of_BioHacking_-_HEAD The Art of BioHacking]
::<li>'''2015.09.24''' Jeudi 19:00-22:00: Lausanne Open Data vol. 2 ([http://www.meetup.com/Lausanne-Open-Data-Meetup/events/223791962/| more here])
::<li>'''2015.09.19-21''' Samedi-Lundi 9:00-19:00: Un week-end prolongé dédié à l'innovation biomusicale dans le cadre du projet [[Living_Instruments| Living Instruments]]
::<li>'''2015.08.27''' Jeudi 19:00-22:00: Lausanne Open Data vol. 1 ([http://www.meetup.com/Lausanne-Open-Data-Meetup/events/223762682/| more here])
::<li>'''2015.08.26''' Mercredi 19:30-20:30: [[Openhackuarium_vol._60_%22Lac_Léman_Science_Hackathon%22_260815|#OpenHackuarium vol. 60: Do we need Lac Léman Science Hackathon?]]
::<li>'''2015.08.20''' Jeudi 19:00-22:00: Drone Racing 101
::<li>'''2015.08.05''' Wednesday 19:30-20:30: [[Openhackuarium_vol._57_%22Bi%C3%A8re%22 | #OpenHackuarium vol. 57 special Fermentation]]
::<li>'''2015.07.22''' Wednesday 19:30-20:30: [[Openhackuarium_vol._55_-_22.07.15 | #OpenHackuarium vol. 55 special Urban/Vertical farming]]
::<li>'''2015.07.18''' Saturday 9:30-15:30: [[DNA_Party_workchoppe_vol.1 | A first DNA workshop/workchoppe]]
::<li>'''2015.04.22''' Wednesday 19:30-20:30: General Assembly of Hackuarium association.
::<li>'''2015.04.16''' Thursday 19:00-21:00: Discussion with Le Pansement, a medical students association
::<li>'''2015.04.15''' Wednesday 18:30-21:00: Practical Session "Garage Electrophoresis" with Le Pansement, a medical students association
::<li>'''2015.03.29''' Sunday 13:30-18:30: [[2nd_Hackuarium_Wiki_Sprint | Hackuarium Wiki Sprint #2]]
::<li>'''2015.03.28''' Saturday 10:00-18:30: [[Open_DNA_Seq_Workshop | Open DNA Sequencing Workshop]]
::<li>'''2015.02.18''' [[Visite_du_FlyLab_Paris_chez_nous| Drone night with Flylab Paris (part of La Paillasse) (FR)]]
::<li>'''2015.01.27''' Café Scientifique UNIL
::<li>'''2014.12.07''' [[1st_Ever_Hackuarium_Wiki_Sprint | Hackuarium Wiki Sprint #1]]
::<li>'''2014.11.27''' [[Events:BNSL_Roundtable | Roundtable at EPFL organised by BNSL]]
::<li>'''2014.11.05''' [[Events:Bioart_NexTrends | NexTrends/ECAL Bioart conference at UniverCité]]
::<li>'''2014.10.29''' Assemblée Générale Hackuarium [https://drive.google.com/folderview?id=0BwKVPtIVQtKqOEJ4bW5wTkd5X3M&usp=sharing#list]
::<li>'''2014.10.22''' [[Events:Open_Access |Open Access conference at UniverCité]]
::<li>'''2014.10.09''' Conférence de l'artiste française [http://liagiraud.com Lia Giraud]
::<li>'''2014.09.25-27''' [[Events:Design_Days_2014 | Design Days 2014]]
::<li>'''2014.09.24''' Conférence de [http://www.nicolasnova.net Nicolas Nova], co-fondateur du [http://nearfuturelaboratory.com Near Future Laboratory] et enseignant à la [http://www.hesge.ch/head/ HEAD], Genève.
::<li>'''2014.08.27''' Présentation de [http://bricobio.org BricoBio] Montréal par Sarah Choukah
::<li>'''2014.08.20''' Présentation de [http://lapaillasse.org La Paillasse] Paris par Clément Epié et Nicolas Loubet
::<li>'''2014.08.13''' Assemblée Générale Hackuarium [https://drive.google.com/folderview?id=0BwKVPtIVQtKqOEJ4bW5wTkd5X3M&usp=sharing#list]
::<li>'''2014.06.06-07''' [http://hackteria.org/wiki/Tech4Dev Water Hackathon organised by Hackteria]]

=== Partenariats ===
::<li>'''2014.11 - 2014.12''' [http://www.gasthauszumbaeren.ch//wire-lab/re-thinking-food- Re-Thinking Food], [http://www.gasthauszumbaeren.ch/de/home Gasthaus zum Bären], [http://www.thewire.ch/en/ W.I.R.E.], Zurich, Switzerland
::<li>'''2014.09.25 - 2015.02.22''' [http://www.museedelamain.ch LAB/LIFE Exhibition], Musée de la Main, Lausanne, Switzerland

== [[Projects | Projets]] ==
Hackuarium est une communauté rassemblée autour de différents projets. Si vous voulez en savoir plus, visitez les pages ci-dessous

=== Projets Actifs ===

* [[Open-Food-DNA |Open Food DNA]]
* [[BeerDeCoded]]
* [[Living Instruments]]
* [[Bience | Bience (Bière et Science!)]]
* [[APPS]]
* [http://biodesign.cc/ Biodesign.cc]
* [[Spectro-pointer]]
* [http://wiki.hackuarium.ch/w/Darty_Monkeys Darty_Monkeys]
* [http://octanis.org/ Octanis]
* [[Edible wall]]
* [[ZéBU CH]]
* [[Projet Sylvan|Projet Sylvan]]

=== Projets Archivés ===

* [[Mycelium Structures]]
* [[Live Type]]
* [[Projects:LivingLab Design|LivingLab Design]]
* [[Projects:bioluminescence|Bioluminescence]]
* [[Projects:Quantitative Anthropology|Quantitative Anthropology]]
* [[Projects:Impression 3D|Impression 3D]]
* [[Projects:Dépollution des stands de tirs Suisses]]
* [[Incubateur bon marché]]
* [[Space Seed]]
* [[Reception d'images satellites]]

== En pratique ==

Sur [[ Media:Univercite map2-01.png | ce lien]] vous trouverez la carte montrant la vue d'ensemble d'Univercité. 
Sur [[ Media:map1.png | ce lien]] la carte montrant la vue d'ensemble d'Hackuarium détaillant ou se trouve la majorité du matériel.

=== [[I m new | Je suis nouveau, je fais quoi ?]] ===
Tu viens d'arriver? tu cherches tes repères? Alors commence alors par lire [[I m new | cette page ]].

=== [[Life_Main | Règles de vie à Hackuarium]] ===
[[Life_Main | Cette page ]] recense les codes de bonne conduite à adopter à Hackuarium ainsi que les quelques règles s'appliquant dans certains cas spécifiques.

=== [[Protocols | Protocoles]] ===
Tous les protocoles liés à Hackuarium se trouvent [[ BioP_Main | ici ]] (page en Anglais)
Ils sont structurés et expliqués de façon à être axés sur les procédé de manipulation. L'idée est de donner les informations cruciales de manière à appliquer les techniques les plus communes appartenant à la boite à outils du biologiste. Les documents sont structurés comme suit:
::<li> Un schéma décrivant le procédé
::<li> Une explication brève du procédé et son utilité
::<li> Un protocole décrivant les différentes procédures pour appliquer le procédé. Idéalement il y aurait une description pour le faire avec un kit commercial et un moyen DIY.
::<li> Une partie détaillant les précautions à prendre pour travailler en toute sécurité.
::<li> Des informations spécifiques à Hackuarium décrivant ou se trouve les instruments et comment les utiliser.

=== [[Instru_Main | Instruments et leurs utilisation]] ===
[[Instru_Main | Cette page ]](Anglais) recense tous les instruments disponibles sur le lieu, leur position ainsi que la manière dont ils doivent être utilisés.

=== [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1agHVlyMzcg_cdjTlg8bABzjHnOc7Gu0B8v2FGhcEabU/edit?usp=sharing Liste à jour de nos besoins en matériel] ===
Ce document présente le matériel dont nous avons besoin. Si il vous arrivait d'avoir une des pièce que nous recherchons faites nous le savoir, nous comptons sur vous! :-)

=== [[Where we shop | Où faisons-nous nos achats]] ===

=== [[Editing the wiki | Comment créer une nouvelle page de projet sur notre wiki]] ===

== Bibliothèque et liste de lecture ==

Notre espace contient une bibliothèque d'ouvrages de référence:

- DELFANTI Alessandro, "Biohackers, The Politics of Open Science", 2013, London, Pluto Press

Les liens suivants peuvent aussi vous intéresser:

== Media and Press | Presse et média ==

Si vous voulez des informations au sujet d'Hackuarium, n'hésitez pas à envoyer un email à hello[at]hackuarium[dot]ch.

Vous trouverez dans le [[Press_kit | Press Kit]] tous les détails concernant notre passé médiatique.

[[Category:Work In Progress]]

User:Jsobel

2016-01-06T15:51:49Z

Jsobel: /* Current projects */

== Biography ==

===Jonathan Sobel===

After finishing his Master degree in ‘Proteomics and Bioinformatics’ at the University of Geneva in 2011 on endometriosis biomarkers, Jonathan decided to go in the field of computational biology. His PhD project is part of the CycliX project founded by the SystemsX initiative. He is working in the Computational Systems biology lab at EPFL under the supervision of Prof. Felix Naef. He is working on chromatin accessibility in the circadian context in mouse liver, using next generation sequencing approaches. Enjoying teamwork he is president of the Swiss group of students of the international society of computational biology (ISCB-RSG Switzerland) and he intends to increase the accessibility of potential career opportunities in the domain of life science with BSNL. He likes martial arts, guitar playing and beers.

If you wish to get any help, please don't refrain from contacting me

== Contact Infos ==

* '''E-mail:''' jonathan.sobel'at'epfl.ch
* '''Skype:''' jonathanSobel1
* '''Twitter:''' @jonathanSobel1

== Current projects ==
* [[BeerDeCoded]]
* [[Projects:Quantitative Anthropology|Quantitative Anthropology]]
* [[Projects:Impression 3D|Impression 3D]]

== Skills to share ==
*Bioinformatics
*Statistics
*3D models
*Programming

User:Jsobel

2016-01-06T15:50:09Z

Jsobel: /* Current projects */

== Biography ==

===Jonathan Sobel===

After finishing his Master degree in ‘Proteomics and Bioinformatics’ at the University of Geneva in 2011 on endometriosis biomarkers, Jonathan decided to go in the field of computational biology. His PhD project is part of the CycliX project founded by the SystemsX initiative. He is working in the Computational Systems biology lab at EPFL under the supervision of Prof. Felix Naef. He is working on chromatin accessibility in the circadian context in mouse liver, using next generation sequencing approaches. Enjoying teamwork he is president of the Swiss group of students of the international society of computational biology (ISCB-RSG Switzerland) and he intends to increase the accessibility of potential career opportunities in the domain of life science with BSNL. He likes martial arts, guitar playing and beers.

If you wish to get any help, please don't refrain from contacting me

== Contact Infos ==

* '''E-mail:''' jonathan.sobel'at'epfl.ch
* '''Skype:''' jonathanSobel1
* '''Twitter:''' @jonathanSobel1

== Current projects ==

* [[Projects:Quantitative Anthropology|Quantitative Anthropology]]
* [[Projects:Impression 3D|Impression 3D]]

== Skills to share ==
*Bioinformatics
*Statistics
*3D models
*Programming

Data sharing - Lausanne Open Data Meetup

2016-01-06T15:46:35Z

Jsobel: /* Documentation Output */

'''Lausanne Open Data Meetup Special Edition'''

New practices and technologies, such as digital medical records and high-throughput sequencing, open new ways for medical doctors and scientists to investigate human biology and diseases. However, this new model raises many fundamental questions. What are the opportunities and how can the medical data be handled in a way that the rights of patients are preserved.

=What=

'''Lausanne Open Data Meetup Special Edition''' 

Presented by [http://BSNL.ch BSNL] / [http://iscbrsgswitzerland.wordpress.com ISCB-RCG Switzerland] and [[Hackuarium]]
 
(This event will be in English)
 

=When=
* Thursday 5th November 2015, 7pm
* Practical information: see [[Open Hackuarium]]
* Please register [http://www.meetup.com/Lausanne-Open-Data-Meetup/events/223791979/ here] for this event.

=Speakers=

We are honored to discuss these topics with four important actors in the field that confirmed their participation:

* Jacques Beckmann (Head of Clinical Bioinformatics, SIB)

* Christine Currat (Executive director of the Swiss biobanking platform)

* Manolis Dermitzakis (Professor of Genetics at the Department of Genetic Medicine, UNIGE)

* Jeanne-Pascale Simon (Lawyer at the Unit of Legal Affairs, CHUV)

=Questions=

During the round table we will go through the following questions:

* What can personalized medicine offer?
* What ethics problematic are at stake with personal medical data and how can the law protect patients?
* What is the current state of the infrastructure for these data and the existing tools for researchers?
* How to manage these data and ensure confidentiality, but to allow access to researchers?
* How much investment is needed today to support this data tsunami?
* What is the need in medical data literacy for its potential users?
* How many trained people do we need in the area?
* Can citizens take part in this revolution by doing citizen science/biohacking/DIYbio?

=Organisers=

* Leonor Rib
* Jonathan Sobel

=Topics=

Biomedical data, medical data transition, ethics and security

=Target audience=

Students, Politicians, Doctors, Data Scientists, Citizens.

=Documentation Output=
[http://bsnl.ch/2015/12/14/medical-data-access-event-report/ Medical Data Access event report]

[[Category:UpcomingEvents]]
[[Category:Events]]
[[Category:SpecialGuests]]
[[Category:Work In Progress]]

User:Jsobel

2016-01-06T15:41:28Z

Jsobel: /* Current projects */

== Biography ==

===Jonathan Sobel===

After finishing his Master degree in ‘Proteomics and Bioinformatics’ at the University of Geneva in 2011 on endometriosis biomarkers, Jonathan decided to go in the field of computational biology. His PhD project is part of the CycliX project founded by the SystemsX initiative. He is working in the Computational Systems biology lab at EPFL under the supervision of Prof. Felix Naef. He is working on chromatin accessibility in the circadian context in mouse liver, using next generation sequencing approaches. Enjoying teamwork he is president of the Swiss group of students of the international society of computational biology (ISCB-RSG Switzerland) and he intends to increase the accessibility of potential career opportunities in the domain of life science with BSNL. He likes martial arts, guitar playing and beers.

If you wish to get any help, please don't refrain from contacting me

== Contact Infos ==

* '''E-mail:''' jonathan.sobel'at'epfl.ch
* '''Skype:''' jonathanSobel1
* '''Twitter:''' @jonathanSobel1

== Current projects ==

* [[Projects:BeerDeCoded | BeerDeCoded]]
* [[Projects:Impression 3D | Impression 3D]]
* [[Projects:Quantitative Antropology | Quantitative Antropology]]
* [[Projects:AGATA | AGATA]]
* [[Projects:Restorantome | Restorantome]]

== Skills to share ==
*Bioinformatics
*Statistics
*3D models
*Programming

User:Jsobel

2016-01-06T15:29:53Z

Jsobel: /* Skills to share */

== Biography ==

===Jonathan Sobel===

After finishing his Master degree in ‘Proteomics and Bioinformatics’ at the University of Geneva in 2011 on endometriosis biomarkers, Jonathan decided to go in the field of computational biology. His PhD project is part of the CycliX project founded by the SystemsX initiative. He is working in the Computational Systems biology lab at EPFL under the supervision of Prof. Felix Naef. He is working on chromatin accessibility in the circadian context in mouse liver, using next generation sequencing approaches. Enjoying teamwork he is president of the Swiss group of students of the international society of computational biology (ISCB-RSG Switzerland) and he intends to increase the accessibility of potential career opportunities in the domain of life science with BSNL. He likes martial arts, guitar playing and beers.

If you wish to get any help, please don't refrain from contacting me

== Contact Infos ==

* '''E-mail:''' jonathan.sobel'at'epfl.ch
* '''Skype:''' jonathanSobel1
* '''Twitter:''' @jonathanSobel1

== Current projects ==

* [[Projects:Impression 3D | Impression 3D]]
* [[Projects:Quantitative Antropology | Quantitative Antropology]]
* [[Projects:AGATA | AGATA]]
* [[Projects:Restorantome | Restorantome]]

== Skills to share ==
*Bioinformatics
*Statistics
*3D models
*Programming

User:Jsobel

2016-01-06T15:29:12Z

Jsobel: /* Contact Infos */

== Biography ==

===Jonathan Sobel===

After finishing his Master degree in ‘Proteomics and Bioinformatics’ at the University of Geneva in 2011 on endometriosis biomarkers, Jonathan decided to go in the field of computational biology. His PhD project is part of the CycliX project founded by the SystemsX initiative. He is working in the Computational Systems biology lab at EPFL under the supervision of Prof. Felix Naef. He is working on chromatin accessibility in the circadian context in mouse liver, using next generation sequencing approaches. Enjoying teamwork he is president of the Swiss group of students of the international society of computational biology (ISCB-RSG Switzerland) and he intends to increase the accessibility of potential career opportunities in the domain of life science with BSNL. He likes martial arts, guitar playing and beers.

If you wish to get any help, please don't refrain from contacting me

== Contact Infos ==

* '''E-mail:''' jonathan.sobel'at'epfl.ch
* '''Skype:''' jonathanSobel1
* '''Twitter:''' @jonathanSobel1

== Current projects ==

* [[Projects:Impression 3D | Impression 3D]]
* [[Projects:Quantitative Antropology | Quantitative Antropology]]
* [[Projects:AGATA | AGATA]]
* [[Projects:Restorantome | Restorantome]]

== Skills to share ==
*Bioinformatics
*Statistics
*3D models
*programming

Projects:Impression 3D

2016-01-06T15:27:47Z

Jsobel:

Projects:Impression 3D

2015-04-29T18:43:02Z

Jsobel:

Projects:Impression 3D

2014-12-08T11:01:46Z

Jsobel:

== Impression 3D sous projets ==

=== molecules 3D===

==== Résumé====

Depuis 1971 la base de donnée “Protein Data Bank” a été établie au laboratoire national de Brookhaven. Cette base de donnée a été mise en ligne en l’an 2000. Elle contient actuellement 102550 Structures de protéines en 3D. Dans ce projet nous souhaitons imprimer certains modèles de structure dans un but éducatif, pour permettre, à toute personne intéressée par la biologie moléculaire, de comprendre le rôle de ces structures et de pouvoir les imaginer évoluer dans leur environnement moléculaire. Les pièces seront exposées au musée de la main à Lausanne ainsi que lors des Design Days à Renens et de la conférence NipConf à l’EPFL. Dans un deuxième temps, nous sommes motivé à utiliser ces structures, dans un projet design ou nous allons les détourner de leur fonction première pour en faire des œuvres d’art, à part entière, avec de l’électronique (LED), des matériaux diverses (en fonction des imprimantes 3D accessibles) et de la peinture.

==== Acteurs ====

*Guy Mayor
*[[User:Jsobel|Jonathan A Sobel]]
*[[User:alpittet|Anne-Laure]]
*Roxanne Currat, Conservatrice au Musée de la Main
*Richard Timsit
*Luc Henry
*Yann Heurtaux

==== Imprimantes 3D recensées dans la région ====
*Plateforme STI EPFL: Roland Dupuis
*Guy Mayor: https://www.ultimaker.com/pages/our-printers/ultimaker-original
*FabLab Chêne 20 Renens
*Plateforme architecture EPFL
*Autres: http://www.3dhubs.com

==== liste des modèles ====

*PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 COMPLEX WITH FLURBIPROFEN (aka COX1 with inhibitor) (ref PDB: 1CQE)

The X-ray crystal structure of the membrane protein prostaglandin H2 synthase-1.
Picot, D., Loll, P.J., Garavito, R.M.
Journal: (1994) Nature 367: 243-249
PubMed: 8121489
DOI: 10.1038/367243a0

*Structural basis for the transition from initiation to elongation transcription in T7 RNA polymerase (ref PDB: 1MSW)

Yin, Y.W., Steitz, T.A.
Journal: (2002) Science 298: 1387-1395
PubMed: 12242451
DOI: 10.1126/science.1077464

*Autres structures:

Nous avons pour le moment imprimé une molécule de THC, une buckyball C60, une partie d’enveloppe du virus de l’hépatite avec Guy, ainsi qu’un hétérotétramer BMAL:CLOCK avec la plateforme de STI à l’EPFL.

==== Dropbox ====

https://www.dropbox.com/sh/gokqnsan5pymqtq/AAAlqg2lm-gybXi66wqBPZB-a?dl=0

La DropBox contient les modèles en .stl et .pdb , des photos, ainsi que des films et autres documents de travail.

<gallery mode="traditional">
File:Screen Shot 2014-08-19 at 15.04.38.png|transcription factor
File:Screen Shot 2014-08-07 at 10.15.26.png|phage
File:C60.jpg|fullerene
</gallery>

=== Phage ===

==== Acteurs ====
*Guy Mayor
*Jonathan A Sobel
*Anne-Laure Pittet
*Richard Timsit
*Séverine Trouilloud
*Mathilde Ythier

==== Descriptif ====

Lors de la séance à Hackuarium du 19 novembre aussi féconde que
sympathique nous avons fait jaillir quelques idées autour d'un
magnétophone et de prototypes réalisés par Guy sur son imprimante à
filament chaud, et par moi en découpe laser d'acrylique de 3mm.

Il était important d'avoir en main le modèle
(http://www.thingiverse.com/thing:16496) que Guy avait pris le temps
d'imprimer ! C'est ce modèle en main qui nous a aidé à imaginer des
fonctions utiles à développer pour que les pattes puissent avoir un
mouvement et qu'une injection du matériel génétique dans la bactérie
puisse être simulée par un moyen quelconque... Jonathan nous a montré
une vidéo montrant le mécanisme d'action d'un Bactériophage, il aurait
aussi pu montrer celle-ci : https://www.youtube.com/watch?v=uFXuxGuT7H8
J'avais amené une maquette "artistique" de ce que l'on pouvait faire
avec FlatFab (http://flatfab.com/) mais cela ne nous a pas beaucoup aidé
lors de cette séance, il faudra parfaire la maquette pour donner à la
capside une forme d'icosahedron et la remplir de petits serpentins
simulant les pétards d'ADN ou d'ARN qui vont faire exploser la bactérie...
Faire un prototype simple, ludique, pédagogique avec une certaine
ambition technique, tel est le but.
Que ce résultat puisse être repris par tout type de plateforme disposant
d'une imprimante 3D pour être reproduit ou amélioré serait idéal.
Que tout cela puisse être mené à bien sans que la plateforme perde
d'argent sera certainement facile à obtenir, car nous voulons rester
dans la simplicité et n'aurons pas à engager de gros frais sur les
composants.

Encore une fois ce projet est un merveilleux projet de FabLab pour y
conjuguer du savoir-faire non seulement en biologie, mais aussi en
électronique, en mécanique, en robotique avec de l'impression 3d.

Nous nous acheminons dans la conception-confection d'un modèle de phage
qui aurait quelques "fonctions" intéressantes tout en restant simple et
facilement réalisable par quiconque. Nous pensons à l'imprimer en 3d,
nous aimerions qu'en présence d'une structure qui représenterait la
membrane une bactérie, il se mette à avoir un mouvement qui suggérerait
l'injection de sa camelote génétique dans celle-ci.
Nous pensons en ce moment à utiliser des matériaux conducteurs à mémoire
de forme, un bon positionnement sur la membrane l'alimenterait en
courant électrique qui produirait un mouvement par échauffement et qui
déclencherait la simulation de l'injection (déplacement de la lumière de
leds par exemple), la suite fatale pour la bactérie pourrait même être
évoquée.

C'est en tentant de réaliser ensemble ces idées dans l'atelier, que l'on
pourra faire le tri et en avoir d'autres, bien meilleures encore.

=== Collaboration avec HEIG ===

==== Acteurs ====
*Audrey Mauron
*Sylvain Hugon
*Luc Henry
*Yann Heurtaux
*Jonathan Sobel
*Richard Timsit
*Guy Mayor

==== Description du projet ====
L’impression 3D permet d’imprimer des polymères et des métaux aux formes complexes et dont la précision de mise en forme avoisine les 5 microns de tolérance pour les systèmes les plus précis.
Cet outil technologique n’est pas encore destiné à la biologie mais l’idée qu’il pourrait en faire partie vous inspire-t-elle ?
Le projet proposé a comme objectif de développer une imprimante orienté dans ce secteur. Quels sont les enjeux soulevés pour cette application ou d’autre nécessitant l’impression de matériaux sortant des standards ?
Cette imprimante pourrait être capable par exemple d’imprimer des organismes vivants, ou des substrats nécessaires à leur développement ou encore la fabrication d’objet pouvant être stérilisable.
La fonction de cette imprimante est encore à définir clairement ainsi que les ressources nécessaires à sa réalisation.
Objectif : imaginer quel type d’imprimante pourrait être réalisable.
Le / les dispositifs mécaniques de cette imprimante feront l’objet de travaux de bachelor dans le cadre de l’Heig-vd dont le mien sera le point de départ. Cette partie du développement sera dirigé par Mr Hugon Sylvain et les étudiants de l’Heig-vd ; quant aux autres secteurs que touchera ce projet, ils seront à promouvoir par des personnes désireuses de s’investir.

La vocation de ces travaux de bachelor est de mettre à disposition de la communauté une ressource d’étudiant souhaitant s’investir dans un projet commun. Si d’autres besoins sont à exprimer et ne l’ont pas été dans cette présentation, je vous invite à venir mercredi 15 octobre prochain à 19h.

Nous avons donc répondu à l'invitation le mercredi 15 octobre pour un échange fructueux entre Audrey, Sylvain, Anne-Laure, Guy, Jonathan et quelques autres.
Jonathan a d'abord rappelé l'existence et l'état d'avancement du projet "Impression 3D de protéines et autres molécules" en invitant Audrey et Sylvain à lire le Pad sur ce sujet . Nous avons fait un bref tour de quelques sujets - déjà nombreux - qui pourraient faire l'objet d'un "travail" pour Audrey dans la mesure où ils concernent de prés ou de loin l'impression 3d, sans nous aventurer et pour cause, dans l'impression 3d de tissus biologiques.
- La découpe numérique de papier, de vinyle ou... de verre, peut rendre de grands services dans la technologie microfluidique (perche tendue par Guy).
- La microscopie lowcost rendue possible par des assemblages de lentilles autour d'un smartphone est très utile (perche tendue par Jonathan) cf Marc Dusseiller Hackteria.
- Les impressions 3D de protéines réclameront des adaptations de nos repraps - nouvelles dimensions ou nouvelles méthodes d'extrusion... (perche tendue par Richard) cf projets en cours.
- Sylvain a esquissé un projet d'impression 3d de biomatériaux afin de réaliser des prothèses précises, stériles et durables à implanter chirurgicalement. L'ambition et la complexité d'un tel projet le rendent difficiles à réaliser en 2 mois par Audrey... Mais ce serait un projet pour Sylvain ;-)
- Un dernier sujet a été évoqué mercredi: il s'agit d'une machine programmable de pipetage du type Robot pour réaction PCR , ou encore "spotting" de bactéries ou cellules (cell spotting) sur microfluidics, boites de pétri ou plaque a multi-puits (i.e. 96 well plate), qui pourrait être utile dans le cadre de plusieurs projets en cours à hackuarium, avec notamment le projet AGATA . Voici un autre exemple de robot de pipetage.

Une question importante a été posée par Audrey: Si nous pouvions avoir la machine de nos rêves, quel serai ses possibilités, ses fonctions et comment pourrions nous utiliser pleinement son potentiel ?
Nous avons abordé différentes pistes , en discutant de la taille maximale d'impression (3m*3m*3m ?!), les matériaux (biologique, chimique, plastic, métal, verre,...), la possibilité de couper ou fraiser la matière, ainsi que l'objectif low-cost. Un point important soulevé par Sylvain serait la "fonctionnalité multiple" avec par exemple des modules interchangeable en fonction de l'utilisation de la machine.
Avec un peu de chance elle fera aussi le café, la bière et les pizzas ! : -)

Peut-être une source d'inspiration ? https://www.kickstarter.com/projects/932664050/opentrons-open-source-rapid-prototyping-for-biolog

J'ai tenté de donner les grandes lignes de ce qu'était le prototypage dans ces espaces ouverts et en réseau que sont les FabLabs. Je n'ai pas eu le temps de développer, je le fais ici:
* Les projets qui naissent dans ces espaces dépendent des membres qui les composent. Ils ont en général une certaine ambition sur le plan technique ou scientifique ce qui fait qu'il faut un consensus entre plusieurs membres de culture différente pour qu'ils prennent forme. Leur réalisation peut se faire avec des étudiants qui font un travail de diplôme - le projet Pleco au FabLab de Neuchâtel - http://fablab-neuch.ch/projects/pleco/ peut en être un exemple réussi, mais cette "insertion" ne va pas de soi ! Les membres d'un FabLab s'investissent librement dans les projets selon leur désir, leurs compétences et leur temps disponible. Ils le font pour faire vivre une association dont ils partagent la finalité et qu'ils contribuent ainsi à édifier. Un(e) étudiant(e) obligé(e) de fréquenter une telle plateforme pour réussir un diplôme peut ne pas partager la démarche ou ne pas comprendre que tous les membres ne veuillent pas se plier à ses contraintes de temps...
* L'esprit collaboratif et non compétitif dans lequel ces projets se réalisent ne ressemble en rien à ce que l'on trouve dans l'industrie ou dans les institutions, l'efficacité et la rigueur n'en est pas pour autant absente, mais elle n'est pas académique, elle est d'une toute autre nature... Les logiciels utilisés sont presque toujours des logiciels libres et les composants en open hardware sont privilégiés afin de pouvoir engendrer un réel partage des connaissances...
* Enfin ces espaces ne sont pas marchands, la plupart des membres sont bénévoles et cherchent à fabriquer tout, tout autrement !

=== Microfluidique ===

== Perspectives long terme ==

*Sculptures grande taille (voir contact avec Anne-Laure)
*Sculptures avec LED
*Sculptures en couleurs
*Bijoux (impression 3D métal, Argent, Or)
*Sculptures bioluminescente
*Microfluidics
*Objets Design (cendriers, lampe, chandelier, …)
*Support lentilles microscopie avec smartphone
*Support matériel labo (Moule pour microfludics, ...)
*Autres….?

File:Screen Shot 2014-08-19 at 15.04.38.png

2014-12-08T10:53:02Z

Jsobel: Impression 3D: Transcription factor modele

Impression 3D: Transcription factor modele

File:Screen Shot 2014-08-07 at 10.15.26.png

2014-12-08T10:52:01Z

Jsobel: Impression 3D: phage modele

Impression 3D: phage modele

File:C60.jpg

2014-12-08T10:50:59Z

Jsobel: Impression 3d modele buckyball C60 Fulerene

Impression 3d modele buckyball C60 Fulerene

Projects:Impression 3D

2014-12-07T16:47:21Z

Jsobel:

== Impression 3D sous projets ==

=== molecules 3D===

==== Résumé====

Depuis 1971 la base de donnée “Protein Data Bank” a été établie au laboratoire national de Brookhaven. Cette base de donnée a été mise en ligne en l’an 2000. Elle contient actuellement 102550 Structures de protéines en 3D. Dans ce projet nous souhaitons imprimer certains modèles de structure dans un but éducatif, pour permettre, à toute personne intéressée par la biologie moléculaire, de comprendre le rôle de ces structures et de pouvoir les imaginer évoluer dans leur environnement moléculaire. Les pièces seront exposées au musée de la main à Lausanne ainsi que lors des Design Days à Renens et de la conférence NipConf à l’EPFL. Dans un deuxième temps, nous sommes motivé à utiliser ces structures, dans un projet design ou nous allons les détourner de leur fonction première pour en faire des œuvres d’art, à part entière, avec de l’électronique (LED), des matériaux diverses (en fonction des imprimantes 3D accessibles) et de la peinture.

==== Acteurs ====

*Guy Mayor
*[[User:Jsobel|Jonathan A Sobel]]
*[[User:alpittet|Anne-Laure]]
*Roxanne Currat, Conservatrice au Musée de la Main
*Richard Timsit
*Luc Henry
*Yann Heurtaux

==== Imprimantes 3D recensées dans la région ====
*Plateforme STI EPFL: Roland Dupuis
*Guy Mayor: https://www.ultimaker.com/pages/our-printers/ultimaker-original
*FabLab Chêne 20 Renens
*Plateforme architecture EPFL
*Autres: http://www.3dhubs.com

==== liste des modèles ====

*PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 COMPLEX WITH FLURBIPROFEN (aka COX1 with inhibitor) (ref PDB: 1CQE)

The X-ray crystal structure of the membrane protein prostaglandin H2 synthase-1.
Picot, D., Loll, P.J., Garavito, R.M.
Journal: (1994) Nature 367: 243-249
PubMed: 8121489
DOI: 10.1038/367243a0

*Structural basis for the transition from initiation to elongation transcription in T7 RNA polymerase (ref PDB: 1MSW)

Yin, Y.W., Steitz, T.A.
Journal: (2002) Science 298: 1387-1395
PubMed: 12242451
DOI: 10.1126/science.1077464

*Autres structures:

Nous avons pour le moment imprimé une molécule de THC, une buckyball C60, une partie d’enveloppe du virus de l’hépatite avec Guy, ainsi qu’un hétérotétramer BMAL:CLOCK avec la plateforme de STI à l’EPFL.

==== Dropbox ====

https://www.dropbox.com/sh/gokqnsan5pymqtq/AAAlqg2lm-gybXi66wqBPZB-a?dl=0

La DropBox contient les modèles en .stl et .pdb , des photos, ainsi que des films et autres documents de travail.

=== Phage ===

==== Acteurs ====
*Guy Mayor
*Jonathan A Sobel
*Anne-Laure Pittet
*Richard Timsit
*Séverine Trouilloud
*Mathilde Ythier

==== Descriptif ====

Lors de la séance à Hackuarium du 19 novembre aussi féconde que
sympathique nous avons fait jaillir quelques idées autour d'un
magnétophone et de prototypes réalisés par Guy sur son imprimante à
filament chaud, et par moi en découpe laser d'acrylique de 3mm.

Il était important d'avoir en main le modèle
(http://www.thingiverse.com/thing:16496) que Guy avait pris le temps
d'imprimer ! C'est ce modèle en main qui nous a aidé à imaginer des
fonctions utiles à développer pour que les pattes puissent avoir un
mouvement et qu'une injection du matériel génétique dans la bactérie
puisse être simulée par un moyen quelconque... Jonathan nous a montré
une vidéo montrant le mécanisme d'action d'un Bactériophage, il aurait
aussi pu montrer celle-ci : https://www.youtube.com/watch?v=uFXuxGuT7H8
J'avais amené une maquette "artistique" de ce que l'on pouvait faire
avec FlatFab (http://flatfab.com/) mais cela ne nous a pas beaucoup aidé
lors de cette séance, il faudra parfaire la maquette pour donner à la
capside une forme d'icosahedron et la remplir de petits serpentins
simulant les pétards d'ADN ou d'ARN qui vont faire exploser la bactérie...
Faire un prototype simple, ludique, pédagogique avec une certaine
ambition technique, tel est le but.
Que ce résultat puisse être repris par tout type de plateforme disposant
d'une imprimante 3D pour être reproduit ou amélioré serait idéal.
Que tout cela puisse être mené à bien sans que la plateforme perde
d'argent sera certainement facile à obtenir, car nous voulons rester
dans la simplicité et n'aurons pas à engager de gros frais sur les
composants.

Encore une fois ce projet est un merveilleux projet de FabLab pour y
conjuguer du savoir-faire non seulement en biologie, mais aussi en
électronique, en mécanique, en robotique avec de l'impression 3d.

Nous nous acheminons dans la conception-confection d'un modèle de phage
qui aurait quelques "fonctions" intéressantes tout en restant simple et
facilement réalisable par quiconque. Nous pensons à l'imprimer en 3d,
nous aimerions qu'en présence d'une structure qui représenterait la
membrane une bactérie, il se mette à avoir un mouvement qui suggérerait
l'injection de sa camelote génétique dans celle-ci.
Nous pensons en ce moment à utiliser des matériaux conducteurs à mémoire
de forme, un bon positionnement sur la membrane l'alimenterait en
courant électrique qui produirait un mouvement par échauffement et qui
déclencherait la simulation de l'injection (déplacement de la lumière de
leds par exemple), la suite fatale pour la bactérie pourrait même être
évoquée.

C'est en tentant de réaliser ensemble ces idées dans l'atelier, que l'on
pourra faire le tri et en avoir d'autres, bien meilleures encore.

=== Collaboration avec HEIG ===

==== Acteurs ====
*Audrey Mauron
*Sylvain Hugon
*Luc Henry
*Yann Heurtaux
*Jonathan Sobel
*Richard Timsit
*Guy Mayor

==== Description du projet ====
L’impression 3D permet d’imprimer des polymères et des métaux aux formes complexes et dont la précision de mise en forme avoisine les 5 microns de tolérance pour les systèmes les plus précis.
Cet outil technologique n’est pas encore destiné à la biologie mais l’idée qu’il pourrait en faire partie vous inspire-t-elle ?
Le projet proposé a comme objectif de développer une imprimante orienté dans ce secteur. Quels sont les enjeux soulevés pour cette application ou d’autre nécessitant l’impression de matériaux sortant des standards ?
Cette imprimante pourrait être capable par exemple d’imprimer des organismes vivants, ou des substrats nécessaires à leur développement ou encore la fabrication d’objet pouvant être stérilisable.
La fonction de cette imprimante est encore à définir clairement ainsi que les ressources nécessaires à sa réalisation.
Objectif : imaginer quel type d’imprimante pourrait être réalisable.
Le / les dispositifs mécaniques de cette imprimante feront l’objet de travaux de bachelor dans le cadre de l’Heig-vd dont le mien sera le point de départ. Cette partie du développement sera dirigé par Mr Hugon Sylvain et les étudiants de l’Heig-vd ; quant aux autres secteurs que touchera ce projet, ils seront à promouvoir par des personnes désireuses de s’investir.

La vocation de ces travaux de bachelor est de mettre à disposition de la communauté une ressource d’étudiant souhaitant s’investir dans un projet commun. Si d’autres besoins sont à exprimer et ne l’ont pas été dans cette présentation, je vous invite à venir mercredi 15 octobre prochain à 19h.

Nous avons donc répondu à l'invitation le mercredi 15 octobre pour un échange fructueux entre Audrey, Sylvain, Anne-Laure, Guy, Jonathan et quelques autres.
Jonathan a d'abord rappelé l'existence et l'état d'avancement du projet "Impression 3D de protéines et autres molécules" en invitant Audrey et Sylvain à lire le Pad sur ce sujet . Nous avons fait un bref tour de quelques sujets - déjà nombreux - qui pourraient faire l'objet d'un "travail" pour Audrey dans la mesure où ils concernent de prés ou de loin l'impression 3d, sans nous aventurer et pour cause, dans l'impression 3d de tissus biologiques.
- La découpe numérique de papier, de vinyle ou... de verre, peut rendre de grands services dans la technologie microfluidique (perche tendue par Guy).
- La microscopie lowcost rendue possible par des assemblages de lentilles autour d'un smartphone est très utile (perche tendue par Jonathan) cf Marc Dusseiller Hackteria.
- Les impressions 3D de protéines réclameront des adaptations de nos repraps - nouvelles dimensions ou nouvelles méthodes d'extrusion... (perche tendue par Richard) cf projets en cours.
- Sylvain a esquissé un projet d'impression 3d de biomatériaux afin de réaliser des prothèses précises, stériles et durables à implanter chirurgicalement. L'ambition et la complexité d'un tel projet le rendent difficiles à réaliser en 2 mois par Audrey... Mais ce serait un projet pour Sylvain ;-)
- Un dernier sujet a été évoqué mercredi: il s'agit d'une machine programmable de pipetage du type Robot pour réaction PCR , ou encore "spotting" de bactéries ou cellules (cell spotting) sur microfluidics, boites de pétri ou plaque a multi-puits (i.e. 96 well plate), qui pourrait être utile dans le cadre de plusieurs projets en cours à hackuarium, avec notamment le projet AGATA . Voici un autre exemple de robot de pipetage.

Une question importante a été posée par Audrey: Si nous pouvions avoir la machine de nos rêves, quel serai ses possibilités, ses fonctions et comment pourrions nous utiliser pleinement son potentiel ?
Nous avons abordé différentes pistes , en discutant de la taille maximale d'impression (3m*3m*3m ?!), les matériaux (biologique, chimique, plastic, métal, verre,...), la possibilité de couper ou fraiser la matière, ainsi que l'objectif low-cost. Un point important soulevé par Sylvain serait la "fonctionnalité multiple" avec par exemple des modules interchangeable en fonction de l'utilisation de la machine.
Avec un peu de chance elle fera aussi le café, la bière et les pizzas ! : -)

Peut-être une source d'inspiration ? https://www.kickstarter.com/projects/932664050/opentrons-open-source-rapid-prototyping-for-biolog

J'ai tenté de donner les grandes lignes de ce qu'était le prototypage dans ces espaces ouverts et en réseau que sont les FabLabs. Je n'ai pas eu le temps de développer, je le fais ici:
* Les projets qui naissent dans ces espaces dépendent des membres qui les composent. Ils ont en général une certaine ambition sur le plan technique ou scientifique ce qui fait qu'il faut un consensus entre plusieurs membres de culture différente pour qu'ils prennent forme. Leur réalisation peut se faire avec des étudiants qui font un travail de diplôme - le projet Pleco au FabLab de Neuchâtel - http://fablab-neuch.ch/projects/pleco/ peut en être un exemple réussi, mais cette "insertion" ne va pas de soi ! Les membres d'un FabLab s'investissent librement dans les projets selon leur désir, leurs compétences et leur temps disponible. Ils le font pour faire vivre une association dont ils partagent la finalité et qu'ils contribuent ainsi à édifier. Un(e) étudiant(e) obligé(e) de fréquenter une telle plateforme pour réussir un diplôme peut ne pas partager la démarche ou ne pas comprendre que tous les membres ne veuillent pas se plier à ses contraintes de temps...
* L'esprit collaboratif et non compétitif dans lequel ces projets se réalisent ne ressemble en rien à ce que l'on trouve dans l'industrie ou dans les institutions, l'efficacité et la rigueur n'en est pas pour autant absente, mais elle n'est pas académique, elle est d'une toute autre nature... Les logiciels utilisés sont presque toujours des logiciels libres et les composants en open hardware sont privilégiés afin de pouvoir engendrer un réel partage des connaissances...
* Enfin ces espaces ne sont pas marchands, la plupart des membres sont bénévoles et cherchent à fabriquer tout, tout autrement !

=== Microfluidique ===

== Perspectives long terme ==

*Sculptures grande taille (voir contact avec Anne-Laure)
*Sculptures avec LED
*Sculptures en couleurs
*Bijoux (impression 3D métal, Argent, Or)
*Sculptures bioluminescente
*Microfluidics
*Objets Design (cendriers, lampe, chandelier, …)
*Support lentilles microscopie avec smartphone
*Support matériel labo (Moule pour microfludics, ...)
*Autres….?

Projects:Impression 3D

2014-12-07T16:42:47Z

Jsobel:

== Impression 3D sous projets ==

=== molecules 3D===

==== Résumé====

Depuis 1971 la base de donnée “Protein Data Bank” a été établie au laboratoire national de Brookhaven. Cette base de donnée a été mise en ligne en l’an 2000. Elle contient actuellement 102550 Structures de protéines en 3D. Dans ce projet nous souhaitons imprimer certains modèles de structure dans un but éducatif, pour permettre, à toute personne intéressée par la biologie moléculaire, de comprendre le rôle de ces structures et de pouvoir les imaginer évoluer dans leur environnement moléculaire. Les pièces seront exposées au musée de la main à Lausanne ainsi que lors des Design Days à Renens et de la conférence NipConf à l’EPFL. Dans un deuxième temps, nous sommes motivé à utiliser ces structures, dans un projet design ou nous allons les détourner de leur fonction première pour en faire des œuvres d’art, à part entière, avec de l’électronique (LED), des matériaux diverses (en fonction des imprimantes 3D accessibles) et de la peinture.

==== Acteurs ====

*Guy Mayor
*[[User:Jsobel|Jonathan A Sobel]]
*[[User:alpittet|Anne-Laure]]
*Roxanne Currat, Conservatrice au Musée de la Main
*Richard Timsit
*Luc Henry
*Yann Heurtaux

==== Imprimantes 3D recensées dans la région ====
*Plateforme STI EPFL: Roland Dupuis
*Guy Mayor: https://www.ultimaker.com/pages/our-printers/ultimaker-original
*FabLab Chêne 20 Renens
*Plateforme architecture EPFL
*Autres: http://www.3dhubs.com

==== liste des modèles ====

*PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 COMPLEX WITH FLURBIPROFEN (aka COX1 with inhibitor) (ref PDB: 1CQE)

The X-ray crystal structure of the membrane protein prostaglandin H2 synthase-1.
Picot, D., Loll, P.J., Garavito, R.M.
Journal: (1994) Nature 367: 243-249
PubMed: 8121489
DOI: 10.1038/367243a0

*Structural basis for the transition from initiation to elongation transcription in T7 RNA polymerase (ref PDB: 1MSW)

Yin, Y.W., Steitz, T.A.
Journal: (2002) Science 298: 1387-1395
PubMed: 12242451
DOI: 10.1126/science.1077464

*Autres structures:

Nous avons pour le moment imprimé une molécule de THC, une buckyball C60, une partie d’enveloppe du virus de l’hépatite avec Guy, ainsi qu’un hétérotétramer BMAL:CLOCK avec la plateforme de STI à l’EPFL.

==== Dropbox ====

https://www.dropbox.com/sh/gokqnsan5pymqtq/AAAlqg2lm-gybXi66wqBPZB-a?dl=0

La DropBox contient les modèles en .stl et .pdb , des photos, ainsi que des films et autres documents de travail.

=== Phage ===

==== Acteurs ====
*Guy Mayor
*Jonathan A Sobel
*Anne-Laure Pittet
*Richard Timsit
*Séverine Trouilloud
*Mathilde Ythier

==== Descriptif ====

Lors de la séance à Hackuarium du 19 novembre aussi féconde que
sympathique nous avons fait jaillir quelques idées autour d'un
magnétophone et de prototypes réalisés par Guy sur son imprimante à
filament chaud, et par moi en découpe laser d'acrylique de 3mm.

Il était important d'avoir en main le modèle
(http://www.thingiverse.com/thing:16496) que Guy avait pris le temps
d'imprimer ! C'est ce modèle en main qui nous a aidé à imaginer des
fonctions utiles à développer pour que les pattes puissent avoir un
mouvement et qu'une injection du matériel génétique dans la bactérie
puisse être simulée par un moyen quelconque... Jonathan nous a montré
une vidéo montrant le mécanisme d'action d'un Bactériophage, il aurait
aussi pu montrer celle-ci : https://www.youtube.com/watch?v=uFXuxGuT7H8
J'avais amené une maquette "artistique" de ce que l'on pouvait faire
avec FlatFab (http://flatfab.com/) mais cela ne nous a pas beaucoup aidé
lors de cette séance, il faudra parfaire la maquette pour donner à la
capside une forme d'icosahedron et la remplir de petits serpentins
simulant les pétards d'ADN ou d'ARN qui vont faire exploser la bactérie...
Faire un prototype simple, ludique, pédagogique avec une certaine
ambition technique, tel est le but.
Que ce résultat puisse être repris par tout type de plateforme disposant
d'une imprimante 3D pour être reproduit ou amélioré serait idéal.
Que tout cela puisse être mené à bien sans que la plateforme perde
d'argent sera certainement facile à obtenir, car nous voulons rester
dans la simplicité et n'aurons pas à engager de gros frais sur les
composants.

Que cela puisse rapporter de l'argent à la plateforme Hackuarium est
selon moi, une sale idée qui mériterait bien d’être minée par un méchant
bactériophage ! [Tu pourras Jonathan censurer cela si tu l'injectes dans
le Hackpad, mais tu peux le laisser aussi !]

Encore une fois ce projet est un merveilleux projet de FabLab pour y
conjuguer du savoir-faire non seulement en biologie, mais aussi en
électronique, en mécanique, en robotique avec de l'impression 3d.
L'espace technique du Techshop qui se dessine dans Hackuarium conçu
comme un atelier à part, comme l'espace du faire, risque bien de devenir
l'espace d'un faire-faire plutôt qu'un véritable FabLab... ce serait
bien dommage...

Nous nous acheminons dans la conception-confection d'un modèle de phage
qui aurait quelques "fonctions" intéressantes tout en restant simple et
facilement réalisable par quiconque. Nous pensons à l'imprimer en 3d,
nous aimerions qu'en présence d'une structure qui représenterait la
membrane une bactérie, il se mette à avoir un mouvement qui suggérerait
l'injection de sa camelote génétique dans celle-ci...
Nous pensons en ce moment à utiliser des matériaux conducteurs à mémoire
de forme, un bon positionnement sur la membrane l'alimenterait en
courant électrique qui produirait un mouvement par échauffement et qui
déclencherait la simulation de l'injection (déplacement de la lumière de
leds par exemple), la suite fatale pour la bactérie pourrait même être
évoquée...

C'est en tentant de réaliser ensemble ces idées dans l'atelier, que l'on
pourra faire le tri et en avoir d'autres, bien meilleures encore...

=== Collaboration avec HEIG ===

==== Acteurs ====
*Audrey Mauron
*Sylvain Hugon
*Luc Henry
*Yann Heurtaux
*Jonathan Sobel
*Richard Timsit
*Guy Mayor

==== Description du projet ====
L’impression 3D permet d’imprimer des polymères et des métaux aux formes complexes et dont la précision de mise en forme avoisine les 5 microns de tolérance pour les systèmes les plus précis.
Cet outil technologique n’est pas encore destiné à la biologie mais l’idée qu’il pourrait en faire partie vous inspire-t-elle ?
Le projet proposé a comme objectif de développer une imprimante orienté dans ce secteur. Quels sont les enjeux soulevés pour cette application ou d’autre nécessitant l’impression de matériaux sortant des standards ?
Cette imprimante pourrait être capable par exemple d’imprimer des organismes vivants, ou des substrats nécessaires à leur développement ou encore la fabrication d’objet pouvant être stérilisable.
La fonction de cette imprimante est encore à définir clairement ainsi que les ressources nécessaires à sa réalisation.
Objectif : imaginer quel type d’imprimante pourrait être réalisable.
Le / les dispositifs mécaniques de cette imprimante feront l’objet de travaux de bachelor dans le cadre de l’Heig-vd dont le mien sera le point de départ. Cette partie du développement sera dirigé par Mr Hugon Sylvain et les étudiants de l’Heig-vd ; quant aux autres secteurs que touchera ce projet, ils seront à promouvoir par des personnes désireuses de s’investir.

La vocation de ces travaux de bachelor est de mettre à disposition de la communauté une ressource d’étudiant souhaitant s’investir dans un projet commun. Si d’autres besoins sont à exprimer et ne l’ont pas été dans cette présentation, je vous invite à venir mercredi 15 octobre prochain à 19h.

Nous avons donc répondu à l'invitation le mercredi 15 octobre pour un échange fructueux entre Audrey, Sylvain, Anne-Laure, Guy, Jonathan et quelques autres.
Jonathan a d'abord rappelé l'existence et l'état d'avancement du projet "Impression 3D de protéines et autres molécules" en invitant Audrey et Sylvain à lire le Pad sur ce sujet . Nous avons fait un bref tour de quelques sujets - déjà nombreux - qui pourraient faire l'objet d'un "travail" pour Audrey dans la mesure où ils concernent de prés ou de loin l'impression 3d, sans nous aventurer et pour cause, dans l'impression 3d de tissus biologiques.
- La découpe numérique de papier, de vinyle ou... de verre, peut rendre de grands services dans la technologie microfluidique (perche tendue par Guy).
- La microscopie lowcost rendue possible par des assemblages de lentilles autour d'un smartphone est très utile (perche tendue par Jonathan) cf Marc Dusseiller Hackteria.
- Les impressions 3D de protéines réclameront des adaptations de nos repraps - nouvelles dimensions ou nouvelles méthodes d'extrusion... (perche tendue par Richard) cf projets en cours.
- Sylvain a esquissé un projet d'impression 3d de biomatériaux afin de réaliser des prothèses précises, stériles et durables à implanter chirurgicalement. L'ambition et la complexité d'un tel projet le rendent difficiles à réaliser en 2 mois par Audrey... Mais ce serait un projet pour Sylvain ;-)
- Un dernier sujet a été évoqué mercredi: il s'agit d'une machine programmable de pipetage du type Robot pour réaction PCR , ou encore "spotting" de bactéries ou cellules (cell spotting) sur microfluidics, boites de pétri ou plaque a multi-puits (i.e. 96 well plate), qui pourrait être utile dans le cadre de plusieurs projets en cours à hackuarium, avec notamment le projet AGATA . Voici un autre exemple de robot de pipetage.

Une question importante a été posée par Audrey: Si nous pouvions avoir la machine de nos rêves, quel serai ses possibilités, ses fonctions et comment pourrions nous utiliser pleinement son potentiel ?
Nous avons abordé différentes pistes , en discutant de la taille maximale d'impression (3m*3m*3m ?!), les matériaux (biologique, chimique, plastic, métal, verre,...), la possibilité de couper ou fraiser la matière, ainsi que l'objectif low-cost. Un point important soulevé par Sylvain serait la "fonctionnalité multiple" avec par exemple des modules interchangeable en fonction de l'utilisation de la machine.
Avec un peu de chance elle fera aussi le café, la bière et les pizzas ! : -)

Peut-être une source d'inspiration ? https://www.kickstarter.com/projects/932664050/opentrons-open-source-rapid-prototyping-for-biolog

J'ai tenté de donner les grandes lignes de ce qu'était le prototypage dans ces espaces ouverts et en réseau que sont les FabLabs. Je n'ai pas eu le temps de développer, je le fais ici:
* Les projets qui naissent dans ces espaces dépendent des membres qui les composent. Ils ont en général une certaine ambition sur le plan technique ou scientifique ce qui fait qu'il faut un consensus entre plusieurs membres de culture différente pour qu'ils prennent forme. Leur réalisation peut se faire avec des étudiants qui font un travail de diplôme - le projet Pleco au FabLab de Neuchâtel - http://fablab-neuch.ch/projects/pleco/ peut en être un exemple réussi, mais cette "insertion" ne va pas de soi ! Les membres d'un FabLab s'investissent librement dans les projets selon leur désir, leurs compétences et leur temps disponible. Ils le font pour faire vivre une association dont ils partagent la finalité et qu'ils contribuent ainsi à édifier. Un(e) étudiant(e) obligé(e) de fréquenter une telle plateforme pour réussir un diplôme peut ne pas partager la démarche ou ne pas comprendre que tous les membres ne veuillent pas se plier à ses contraintes de temps...
* L'esprit collaboratif et non compétitif dans lequel ces projets se réalisent ne ressemble en rien à ce que l'on trouve dans l'industrie ou dans les institutions, l'efficacité et la rigueur n'en est pas pour autant absente, mais elle n'est pas académique, elle est d'une toute autre nature... Les logiciels utilisés sont presque toujours des logiciels libres et les composants en open hardware sont privilégiés afin de pouvoir engendrer un réel partage des connaissances...
* Enfin ces espaces ne sont pas marchands, la plupart des membres sont bénévoles et cherchent à fabriquer tout, tout autrement !

=== Microfluidique ===

== Perspectives long terme ==

*Sculptures grande taille (voir contact avec Anne-Laure)
*Sculptures avec LED
*Sculptures en couleurs
*Bijoux (impression 3D métal, Argent, Or)
*Sculptures bioluminescente
*Microfluidics
*Objets Design (cendriers, lampe, chandelier, …)
*Support lentilles microscopie avec smartphone
*Support matériel labo (Moule pour microfludics, ...)
*Autres….?

Projects:Impression 3D

2014-12-07T16:38:41Z

Jsobel: /* Phage */

== Impression 3D sous projets ==

=== molecules 3D===

==== Résumé====

Depuis 1971 la base de donnée “Protein Data Bank” a été établie au laboratoire national de Brookhaven. Cette base de donnée a été mise en ligne en l’an 2000. Elle contient actuellement 102550 Structures de protéines en 3D. Dans ce projet nous souhaitons imprimer certains modèles de structure dans un but éducatif, pour permettre, à toute personne intéressée par la biologie moléculaire, de comprendre le rôle de ces structures et de pouvoir les imaginer évoluer dans leur environnement moléculaire. Les pièces seront exposées au musée de la main à Lausanne ainsi que lors des Design Days à Renens et de la conférence NipConf à l’EPFL. Dans un deuxième temps, nous sommes motivé à utiliser ces structures, dans un projet design ou nous allons les détourner de leur fonction première pour en faire des œuvres d’art, à part entière, avec de l’électronique (LED), des matériaux diverses (en fonction des imprimantes 3D accessibles) et de la peinture.

==== Acteurs ====

*Guy Mayor
*[[User:Jsobel|Jonathan A Sobel]]
*[[User:alpittet|Anne-Laure]]
*Roxanne Currat, Conservatrice au Musée de la Main
*Richard Timsit
*Luc Henry
*Yann Heurtaux

==== Imprimantes 3D recensées dans la région ====
*Plateforme STI EPFL: Roland Dupuis
*Guy Mayor: https://www.ultimaker.com/pages/our-printers/ultimaker-original
*FabLab Chêne 20 Renens
*Plateforme architecture EPFL
*Autres: http://www.3dhubs.com

==== liste des modèles ====

*PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 COMPLEX WITH FLURBIPROFEN (aka COX1 with inhibitor) (ref PDB: 1CQE)

The X-ray crystal structure of the membrane protein prostaglandin H2 synthase-1.
Picot, D., Loll, P.J., Garavito, R.M.
Journal: (1994) Nature 367: 243-249
PubMed: 8121489
DOI: 10.1038/367243a0

*Structural basis for the transition from initiation to elongation transcription in T7 RNA polymerase (ref PDB: 1MSW)

Yin, Y.W., Steitz, T.A.
Journal: (2002) Science 298: 1387-1395
PubMed: 12242451
DOI: 10.1126/science.1077464

*Autres structures:

Nous avons pour le moment imprimé une molécule de THC, une buckyball C60, une partie d’enveloppe du virus de l’hépatite avec Guy, ainsi qu’un hétérotétramer BMAL:CLOCK avec la plateforme de STI à l’EPFL.

=== Phage ===

==== Acteurs ====
*Guy Mayor
*Jonathan A Sobel
*Anne-Laure Pittet
*Richard Timsit
*Séverine Trouilloud
*Mathilde Ythier

==== Descriptif ====

Lors de la séance à Hackuarium du 19 novembre aussi féconde que
sympathique nous avons fait jaillir quelques idées autour d'un
magnétophone et de prototypes réalisés par Guy sur son imprimante à
filament chaud, et par moi en découpe laser d'acrylique de 3mm.

Il était important d'avoir en main le modèle
(http://www.thingiverse.com/thing:16496) que Guy avait pris le temps
d'imprimer ! C'est ce modèle en main qui nous a aidé à imaginer des
fonctions utiles à développer pour que les pattes puissent avoir un
mouvement et qu'une injection du matériel génétique dans la bactérie
puisse être simulée par un moyen quelconque... Jonathan nous a montré
une vidéo montrant le mécanisme d'action d'un Bactériophage, il aurait
aussi pu montrer celle-ci : https://www.youtube.com/watch?v=uFXuxGuT7H8
J'avais amené une maquette "artistique" de ce que l'on pouvait faire
avec FlatFab (http://flatfab.com/) mais cela ne nous a pas beaucoup aidé
lors de cette séance, il faudra parfaire la maquette pour donner à la
capside une forme d'icosahedron et la remplir de petits serpentins
simulant les pétards d'ADN ou d'ARN qui vont faire exploser la bactérie...
Faire un prototype simple, ludique, pédagogique avec une certaine
ambition technique, tel est le but.
Que ce résultat puisse être repris par tout type de plateforme disposant
d'une imprimante 3D pour être reproduit ou amélioré serait idéal.
Que tout cela puisse être mené à bien sans que la plateforme perde
d'argent sera certainement facile à obtenir, car nous voulons rester
dans la simplicité et n'aurons pas à engager de gros frais sur les
composants.

Que cela puisse rapporter de l'argent à la plateforme Hackuarium est
selon moi, une sale idée qui mériterait bien d’être minée par un méchant
bactériophage ! [Tu pourras Jonathan censurer cela si tu l'injectes dans
le Hackpad, mais tu peux le laisser aussi !]

Encore une fois ce projet est un merveilleux projet de FabLab pour y
conjuguer du savoir-faire non seulement en biologie, mais aussi en
électronique, en mécanique, en robotique avec de l'impression 3d.
L'espace technique du Techshop qui se dessine dans Hackuarium conçu
comme un atelier à part, comme l'espace du faire, risque bien de devenir
l'espace d'un faire-faire plutôt qu'un véritable FabLab... ce serait
bien dommage...

Nous nous acheminons dans la conception-confection d'un modèle de phage
qui aurait quelques "fonctions" intéressantes tout en restant simple et
facilement réalisable par quiconque. Nous pensons à l'imprimer en 3d,
nous aimerions qu'en présence d'une structure qui représenterait la
membrane une bactérie, il se mette à avoir un mouvement qui suggérerait
l'injection de sa camelote génétique dans celle-ci...
Nous pensons en ce moment à utiliser des matériaux conducteurs à mémoire
de forme, un bon positionnement sur la membrane l'alimenterait en
courant électrique qui produirait un mouvement par échauffement et qui
déclencherait la simulation de l'injection (déplacement de la lumière de
leds par exemple), la suite fatale pour la bactérie pourrait même être
évoquée...

C'est en tentant de réaliser ensemble ces idées dans l'atelier, que l'on
pourra faire le tri et en avoir d'autres, bien meilleures encore...

=== Collaboration avec HEIG ===

==== Acteurs ====
*Audrey Mauron
*Sylvain Hugon
*Luc Henry
*Yann Heurtaux
*Jonathan Sobel
*Richard Timsit
*Guy Mayor

==== Description du projet ====
L’impression 3D permet d’imprimer des polymères et des métaux aux formes complexes et dont la précision de mise en forme avoisine les 5 microns de tolérance pour les systèmes les plus précis.
Cet outil technologique n’est pas encore destiné à la biologie mais l’idée qu’il pourrait en faire partie vous inspire-t-elle ?
Le projet proposé a comme objectif de développer une imprimante orienté dans ce secteur. Quels sont les enjeux soulevés pour cette application ou d’autre nécessitant l’impression de matériaux sortant des standards ?
Cette imprimante pourrait être capable par exemple d’imprimer des organismes vivants, ou des substrats nécessaires à leur développement ou encore la fabrication d’objet pouvant être stérilisable.
La fonction de cette imprimante est encore à définir clairement ainsi que les ressources nécessaires à sa réalisation.
Objectif : imaginer quel type d’imprimante pourrait être réalisable.
Le / les dispositifs mécaniques de cette imprimante feront l’objet de travaux de bachelor dans le cadre de l’Heig-vd dont le mien sera le point de départ. Cette partie du développement sera dirigé par Mr Hugon Sylvain et les étudiants de l’Heig-vd ; quant aux autres secteurs que touchera ce projet, ils seront à promouvoir par des personnes désireuses de s’investir.

La vocation de ces travaux de bachelor est de mettre à disposition de la communauté une ressource d’étudiant souhaitant s’investir dans un projet commun. Si d’autres besoins sont à exprimer et ne l’ont pas été dans cette présentation, je vous invite à venir mercredi 15 octobre prochain à 19h.

Nous avons donc répondu à l'invitation le mercredi 15 octobre pour un échange fructueux entre Audrey, Sylvain, Anne-Laure, Guy, Jonathan et quelques autres.
Jonathan a d'abord rappelé l'existence et l'état d'avancement du projet "Impression 3D de protéines et autres molécules" en invitant Audrey et Sylvain à lire le Pad sur ce sujet . Nous avons fait un bref tour de quelques sujets - déjà nombreux - qui pourraient faire l'objet d'un "travail" pour Audrey dans la mesure où ils concernent de prés ou de loin l'impression 3d, sans nous aventurer et pour cause, dans l'impression 3d de tissus biologiques.
- La découpe numérique de papier, de vinyle ou... de verre, peut rendre de grands services dans la technologie microfluidique (perche tendue par Guy).
- La microscopie lowcost rendue possible par des assemblages de lentilles autour d'un smartphone est très utile (perche tendue par Jonathan) cf Marc Dusseiller Hackteria.
- Les impressions 3D de protéines réclameront des adaptations de nos repraps - nouvelles dimensions ou nouvelles méthodes d'extrusion... (perche tendue par Richard) cf projets en cours.
- Sylvain a esquissé un projet d'impression 3d de biomatériaux afin de réaliser des prothèses précises, stériles et durables à implanter chirurgicalement. L'ambition et la complexité d'un tel projet le rendent difficiles à réaliser en 2 mois par Audrey... Mais ce serait un projet pour Sylvain ;-)
- Un dernier sujet a été évoqué mercredi: il s'agit d'une machine programmable de pipetage du type Robot pour réaction PCR , ou encore "spotting" de bactéries ou cellules (cell spotting) sur microfluidics, boites de pétri ou plaque a multi-puits (i.e. 96 well plate), qui pourrait être utile dans le cadre de plusieurs projets en cours à hackuarium, avec notamment le projet AGATA . Voici un autre exemple de robot de pipetage.

Une question importante a été posée par Audrey: Si nous pouvions avoir la machine de nos rêves, quel serai ses possibilités, ses fonctions et comment pourrions nous utiliser pleinement son potentiel ?
Nous avons abordé différentes pistes , en discutant de la taille maximale d'impression (3m*3m*3m ?!), les matériaux (biologique, chimique, plastic, métal, verre,...), la possibilité de couper ou fraiser la matière, ainsi que l'objectif low-cost. Un point important soulevé par Sylvain serait la "fonctionnalité multiple" avec par exemple des modules interchangeable en fonction de l'utilisation de la machine.
Avec un peu de chance elle fera aussi le café, la bière et les pizzas ! : -)

Peut-être une source d'inspiration ? https://www.kickstarter.com/projects/932664050/opentrons-open-source-rapid-prototyping-for-biolog

J'ai tenté de donner les grandes lignes de ce qu'était le prototypage dans ces espaces ouverts et en réseau que sont les FabLabs. Je n'ai pas eu le temps de développer, je le fais ici:
* Les projets qui naissent dans ces espaces dépendent des membres qui les composent. Ils ont en général une certaine ambition sur le plan technique ou scientifique ce qui fait qu'il faut un consensus entre plusieurs membres de culture différente pour qu'ils prennent forme. Leur réalisation peut se faire avec des étudiants qui font un travail de diplôme - le projet Pleco au FabLab de Neuchâtel - http://fablab-neuch.ch/projects/pleco/ peut en être un exemple réussi, mais cette "insertion" ne va pas de soi ! Les membres d'un FabLab s'investissent librement dans les projets selon leur désir, leurs compétences et leur temps disponible. Ils le font pour faire vivre une association dont ils partagent la finalité et qu'ils contribuent ainsi à édifier. Un(e) étudiant(e) obligé(e) de fréquenter une telle plateforme pour réussir un diplôme peut ne pas partager la démarche ou ne pas comprendre que tous les membres ne veuillent pas se plier à ses contraintes de temps...
* L'esprit collaboratif et non compétitif dans lequel ces projets se réalisent ne ressemble en rien à ce que l'on trouve dans l'industrie ou dans les institutions, l'efficacité et la rigueur n'en est pas pour autant absente, mais elle n'est pas académique, elle est d'une toute autre nature... Les logiciels utilisés sont presque toujours des logiciels libres et les composants en open hardware sont privilégiés afin de pouvoir engendrer un réel partage des connaissances...
* Enfin ces espaces ne sont pas marchands, la plupart des membres sont bénévoles et cherchent à fabriquer tout, tout autrement !

=== Microfluidique ===

== Perspectives long terme ==

*Sculptures grande taille (voir contact avec Anne-Laure)
*Sculptures avec LED
*Sculptures en couleurs
*Bijoux (impression 3D métal, Argent, Or)
*Sculptures bioluminescente
*Microfluidics
*Objets Design (cendriers, lampe, chandelier, …)
*Support lentilles microscopie avec smartphone
*Support matériel labo (Moule pour microfludics, ...)
*Autres….?

Projects:Impression 3D

2014-12-07T16:34:50Z

Jsobel:

== Impression 3D sous projets ==

=== molecules 3D===

==== Résumé====

Depuis 1971 la base de donnée “Protein Data Bank” a été établie au laboratoire national de Brookhaven. Cette base de donnée a été mise en ligne en l’an 2000. Elle contient actuellement 102550 Structures de protéines en 3D. Dans ce projet nous souhaitons imprimer certains modèles de structure dans un but éducatif, pour permettre, à toute personne intéressée par la biologie moléculaire, de comprendre le rôle de ces structures et de pouvoir les imaginer évoluer dans leur environnement moléculaire. Les pièces seront exposées au musée de la main à Lausanne ainsi que lors des Design Days à Renens et de la conférence NipConf à l’EPFL. Dans un deuxième temps, nous sommes motivé à utiliser ces structures, dans un projet design ou nous allons les détourner de leur fonction première pour en faire des œuvres d’art, à part entière, avec de l’électronique (LED), des matériaux diverses (en fonction des imprimantes 3D accessibles) et de la peinture.

==== Acteurs ====

*Guy Mayor
*[[User:Jsobel|Jonathan A Sobel]]
*[[User:alpittet|Anne-Laure]]
*Roxanne Currat, Conservatrice au Musée de la Main
*Richard Timsit
*Luc Henry
*Yann Heurtaux

==== Imprimantes 3D recensées dans la région ====
*Plateforme STI EPFL: Roland Dupuis
*Guy Mayor: https://www.ultimaker.com/pages/our-printers/ultimaker-original
*FabLab Chêne 20 Renens
*Plateforme architecture EPFL
*Autres: http://www.3dhubs.com

==== liste des modèles ====

*PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 COMPLEX WITH FLURBIPROFEN (aka COX1 with inhibitor) (ref PDB: 1CQE)

The X-ray crystal structure of the membrane protein prostaglandin H2 synthase-1.
Picot, D., Loll, P.J., Garavito, R.M.
Journal: (1994) Nature 367: 243-249
PubMed: 8121489
DOI: 10.1038/367243a0

*Structural basis for the transition from initiation to elongation transcription in T7 RNA polymerase (ref PDB: 1MSW)

Yin, Y.W., Steitz, T.A.
Journal: (2002) Science 298: 1387-1395
PubMed: 12242451
DOI: 10.1126/science.1077464

*Autres structures:

Nous avons pour le moment imprimé une molécule de THC, une buckyball C60, une partie d’enveloppe du virus de l’hépatite avec Guy, ainsi qu’un hétérotétramer BMAL:CLOCK avec la plateforme de STI à l’EPFL.

=== Phage ===

Lors de la séance à Hackuarium du 19 novembre aussi féconde que
sympathique nous avons fait jaillir quelques idées autour d'un
magnétophone et de prototypes réalisés par Guy sur son imprimante à
filament chaud, et par moi en découpe laser d'acrylique de 3mm.

Il était important d'avoir en main le modèle
(http://www.thingiverse.com/thing:16496) que Guy avait pris le temps
d'imprimer ! C'est ce modèle en main qui nous a aidé à imaginer des
fonctions utiles à développer pour que les pattes puissent avoir un
mouvement et qu'une injection du matériel génétique dans la bactérie
puisse être simulée par un moyen quelconque... Jonathan nous a montré
une vidéo montrant le mécanisme d'action d'un Bactériophage, il aurait
aussi pu montrer celle-ci : https://www.youtube.com/watch?v=uFXuxGuT7H8
J'avais amené une maquette "artistique" de ce que l'on pouvait faire
avec FlatFab (http://flatfab.com/) mais cela ne nous a pas beaucoup aidé
lors de cette séance, il faudra parfaire la maquette pour donner à la
capside une forme d'icosahedron et la remplir de petits serpentins
simulant les pétards d'ADN ou d'ARN qui vont faire exploser la bactérie...
Faire un prototype simple, ludique, pédagogique avec une certaine
ambition technique, tel est le but.
Que ce résultat puisse être repris par tout type de plateforme disposant
d'une imprimante 3D pour être reproduit ou amélioré serait idéal.
Que tout cela puisse être mené à bien sans que la plateforme perde
d'argent sera certainement facile à obtenir, car nous voulons rester
dans la simplicité et n'aurons pas à engager de gros frais sur les
composants.

Que cela puisse rapporter de l'argent à la plateforme Hackuarium est
selon moi, une sale idée qui mériterait bien d’être minée par un méchant
bactériophage ! [Tu pourras Jonathan censurer cela si tu l'injectes dans
le Hackpad, mais tu peux le laisser aussi !]

Encore une fois ce projet est un merveilleux projet de FabLab pour y
conjuguer du savoir-faire non seulement en biologie, mais aussi en
électronique, en mécanique, en robotique avec de l'impression 3d.
L'espace technique du Techshop qui se dessine dans Hackuarium conçu
comme un atelier à part, comme l'espace du faire, risque bien de devenir
l'espace d'un faire-faire plutôt qu'un véritable FabLab... ce serait
bien dommage...

Nous nous acheminons dans la conception-confection d'un modèle de phage
qui aurait quelques "fonctions" intéressantes tout en restant simple et
facilement réalisable par quiconque. Nous pensons à l'imprimer en 3d,
nous aimerions qu'en présence d'une structure qui représenterait la
membrane une bactérie, il se mette à avoir un mouvement qui suggérerait
l'injection de sa camelote génétique dans celle-ci...
Nous pensons en ce moment à utiliser des matériaux conducteurs à mémoire
de forme, un bon positionnement sur la membrane l'alimenterait en
courant électrique qui produirait un mouvement par échauffement et qui
déclencherait la simulation de l'injection (déplacement de la lumière de
leds par exemple), la suite fatale pour la bactérie pourrait même être
évoquée...

C'est en tentant de réaliser ensemble ces idées dans l'atelier, que l'on
pourra faire le tri et en avoir d'autres, bien meilleures encore...

=== Collaboration avec HEIG ===

==== Acteurs ====
*Audrey Mauron
*Sylvain Hugon
*Luc Henry
*Yann Heurtaux
*Jonathan Sobel
*Richard Timsit
*Guy Mayor

==== Description du projet ====
L’impression 3D permet d’imprimer des polymères et des métaux aux formes complexes et dont la précision de mise en forme avoisine les 5 microns de tolérance pour les systèmes les plus précis.
Cet outil technologique n’est pas encore destiné à la biologie mais l’idée qu’il pourrait en faire partie vous inspire-t-elle ?
Le projet proposé a comme objectif de développer une imprimante orienté dans ce secteur. Quels sont les enjeux soulevés pour cette application ou d’autre nécessitant l’impression de matériaux sortant des standards ?
Cette imprimante pourrait être capable par exemple d’imprimer des organismes vivants, ou des substrats nécessaires à leur développement ou encore la fabrication d’objet pouvant être stérilisable.
La fonction de cette imprimante est encore à définir clairement ainsi que les ressources nécessaires à sa réalisation.
Objectif : imaginer quel type d’imprimante pourrait être réalisable.
Le / les dispositifs mécaniques de cette imprimante feront l’objet de travaux de bachelor dans le cadre de l’Heig-vd dont le mien sera le point de départ. Cette partie du développement sera dirigé par Mr Hugon Sylvain et les étudiants de l’Heig-vd ; quant aux autres secteurs que touchera ce projet, ils seront à promouvoir par des personnes désireuses de s’investir.

La vocation de ces travaux de bachelor est de mettre à disposition de la communauté une ressource d’étudiant souhaitant s’investir dans un projet commun. Si d’autres besoins sont à exprimer et ne l’ont pas été dans cette présentation, je vous invite à venir mercredi 15 octobre prochain à 19h.

Nous avons donc répondu à l'invitation le mercredi 15 octobre pour un échange fructueux entre Audrey, Sylvain, Anne-Laure, Guy, Jonathan et quelques autres.
Jonathan a d'abord rappelé l'existence et l'état d'avancement du projet "Impression 3D de protéines et autres molécules" en invitant Audrey et Sylvain à lire le Pad sur ce sujet . Nous avons fait un bref tour de quelques sujets - déjà nombreux - qui pourraient faire l'objet d'un "travail" pour Audrey dans la mesure où ils concernent de prés ou de loin l'impression 3d, sans nous aventurer et pour cause, dans l'impression 3d de tissus biologiques.
- La découpe numérique de papier, de vinyle ou... de verre, peut rendre de grands services dans la technologie microfluidique (perche tendue par Guy).
- La microscopie lowcost rendue possible par des assemblages de lentilles autour d'un smartphone est très utile (perche tendue par Jonathan) cf Marc Dusseiller Hackteria.
- Les impressions 3D de protéines réclameront des adaptations de nos repraps - nouvelles dimensions ou nouvelles méthodes d'extrusion... (perche tendue par Richard) cf projets en cours.
- Sylvain a esquissé un projet d'impression 3d de biomatériaux afin de réaliser des prothèses précises, stériles et durables à implanter chirurgicalement. L'ambition et la complexité d'un tel projet le rendent difficiles à réaliser en 2 mois par Audrey... Mais ce serait un projet pour Sylvain ;-)
- Un dernier sujet a été évoqué mercredi: il s'agit d'une machine programmable de pipetage du type Robot pour réaction PCR , ou encore "spotting" de bactéries ou cellules (cell spotting) sur microfluidics, boites de pétri ou plaque a multi-puits (i.e. 96 well plate), qui pourrait être utile dans le cadre de plusieurs projets en cours à hackuarium, avec notamment le projet AGATA . Voici un autre exemple de robot de pipetage.

Une question importante a été posée par Audrey: Si nous pouvions avoir la machine de nos rêves, quel serai ses possibilités, ses fonctions et comment pourrions nous utiliser pleinement son potentiel ?
Nous avons abordé différentes pistes , en discutant de la taille maximale d'impression (3m*3m*3m ?!), les matériaux (biologique, chimique, plastic, métal, verre,...), la possibilité de couper ou fraiser la matière, ainsi que l'objectif low-cost. Un point important soulevé par Sylvain serait la "fonctionnalité multiple" avec par exemple des modules interchangeable en fonction de l'utilisation de la machine.
Avec un peu de chance elle fera aussi le café, la bière et les pizzas ! : -)

Peut-être une source d'inspiration ? https://www.kickstarter.com/projects/932664050/opentrons-open-source-rapid-prototyping-for-biolog

J'ai tenté de donner les grandes lignes de ce qu'était le prototypage dans ces espaces ouverts et en réseau que sont les FabLabs. Je n'ai pas eu le temps de développer, je le fais ici:
* Les projets qui naissent dans ces espaces dépendent des membres qui les composent. Ils ont en général une certaine ambition sur le plan technique ou scientifique ce qui fait qu'il faut un consensus entre plusieurs membres de culture différente pour qu'ils prennent forme. Leur réalisation peut se faire avec des étudiants qui font un travail de diplôme - le projet Pleco au FabLab de Neuchâtel - http://fablab-neuch.ch/projects/pleco/ peut en être un exemple réussi, mais cette "insertion" ne va pas de soi ! Les membres d'un FabLab s'investissent librement dans les projets selon leur désir, leurs compétences et leur temps disponible. Ils le font pour faire vivre une association dont ils partagent la finalité et qu'ils contribuent ainsi à édifier. Un(e) étudiant(e) obligé(e) de fréquenter une telle plateforme pour réussir un diplôme peut ne pas partager la démarche ou ne pas comprendre que tous les membres ne veuillent pas se plier à ses contraintes de temps...
* L'esprit collaboratif et non compétitif dans lequel ces projets se réalisent ne ressemble en rien à ce que l'on trouve dans l'industrie ou dans les institutions, l'efficacité et la rigueur n'en est pas pour autant absente, mais elle n'est pas académique, elle est d'une toute autre nature... Les logiciels utilisés sont presque toujours des logiciels libres et les composants en open hardware sont privilégiés afin de pouvoir engendrer un réel partage des connaissances...
* Enfin ces espaces ne sont pas marchands, la plupart des membres sont bénévoles et cherchent à fabriquer tout, tout autrement !

=== Microfluidique ===

== Perspectives long terme ==

*Sculptures grande taille (voir contact avec Anne-Laure)
*Sculptures avec LED
*Sculptures en couleurs
*Bijoux (impression 3D métal, Argent, Or)
*Sculptures bioluminescente
*Microfluidics
*Objets Design (cendriers, lampe, chandelier, …)
*Support lentilles microscopie avec smartphone
*Support matériel labo (Moule pour microfludics, ...)
*Autres….?

Projects:Impression 3D

2014-12-07T16:26:48Z

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2014-12-07T16:04:39Z

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Notre communauté regroupe les curieux et les bricoleur de la région Lausannoise dans un laboratoire ouvert et citoyen situé à Renens. La matière vivante est de plus en plus facilement cultivable, modulable, modifiable. Entre science et design, innovation et création artistique, Hackuarium est une rencontre entre des scientifiques et de créatifs de la région lausannoise qui veulent promouvoir ou pratiquer la biologie DIY, un lieu qui offre à tout un chacun la possibilité de découvrir, d’expérimenter et de contribuer ses compétences dans unlaboratoire communautaire.

Comme vous pouvez le voir, cette page est en chantier et a été construite pendant le [[1st_Ever_Hackuarium_Wiki_Sprint | 1er Hackuarium Wiki Sprint]] qui a eu lieu le 7 décembre 2014 à UniverCité.
Le chef du [[Working Group | groupe de travail]] et personne de contacte du [[Board | comité]] est Patrick Roelli aka [[Hoohm]].

== DIY Bio ==
Qu'est que la DIY Bio? 
=== Association Hackuarium ===
=== La communauté ===

__TOC__

== Events ==
Upcoming Events 
::<li>'''Chaque mercredi, 19H00''' #OpenHackuarium

[[Past Events|Évènements passés]]
 

::<li>'''2014.12.07, 14H00-21H00''' [[1st Ever Hackuarium Wiki Sprint | 1er wikisprint]]
::<li>'''2014.11.27, 18H15-20H00'''[[Roundtable at EPFL organised by BNSL | Table ronde à l'EPFL organisé par BNSL]]
::<li>'''2014.11.05, 19H00'''[[NexTrends Bioart Evening at UniverCité | Soirée NexTrends BioArt]] à [http://www.univercite.ch/ UniversCité]

== [[Projects | Projets]] ==
Ici vous trouverez les projets en cours à Hackuarium.
=== [[Active Projects | Projets Actifs]] ===

* [[Reception d'images satellites]]
* [[Mycelium Structures]]
* [[Live Type]]
* [[Projects:LivingLab Design|LivingLab Design]]
* [[Projects:bioluminescence|Bioluminescence]]
* [[Projects:Quantitative Anthropology|Quantitative Anthropology]]
* [[Projects:Impression 3D|Impression 3D]]

=== [[Archived Projects | Projets Archivés]] ===

* [[Projet Yann H]]

=== [[Protocols | Protocoles]] ===
[http://mediawikihackuarium.cleverapps.io/index.php?title=Protocols Ici], vous trouverez nos protocoles testés et fonctionnels ainsi que comment il faut éditer notre wiki 
Toutes contributions sont les bienvenues!

* [[HowToNewProject|Comment créer une nouvelle page de projet sur notre wiki]]
 
 

== [[People]] ==
Nous nous trouvons à renens qui est une région en plein développement. Nos membres proviennent de Lausannes et ses environs. 
[[People | Communauté]] 
=== [[Members | Membres]] ===
Etre membre de Hackuarium aujourd'hui implique un abonnement mensuel.

=== [[Friends_of_Hackuarium | Amis de Hackuarium]] ===
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== [[Environment | Environnement]] ==
Hackuarium est siuté dans le batîment IRL situé à Renens. 
A ce jour, nous avons un BIOLAB, un DIRTYLAB et un espace de co-working.
 

== [[Tools and Equipment | Outils et équipement]] ==
::<li>[http://mediawikihackuarium.cleverapps.io/index.php?title=Tools#Working_Equipment Équipement fcontionnel ]
::<li>[http://mediawikihackuarium.cleverapps.io/index.php?title=Tools#Equipment_that_need_a_bit_of_fixing Doit être réparé]
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== [[Library and Reading List | Librairie et liste de lecture]] ==

== [[Media and Press | Presse et média]] ==

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== [[Wanted]] ==
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::<li>Matériel

Projects:Impression 3D

2014-12-07T16:02:44Z

Jsobel:

Projects:Impression 3D

2014-12-07T15:57:47Z

Jsobel:

User:Jsobel

2014-12-07T14:45:52Z

Jsobel:

== Biography ==

===Jonathan Sobel===

After finishing his Master degree in ‘Proteomics and Bioinformatics’ at the University of Geneva in 2011 on endometriosis biomarkers, Jonathan decided to go in the field of computational biology. His PhD project is part of the CycliX project founded by the SystemsX initiative. He is working in the Computational Systems biology lab at EPFL under the supervision of Prof. Felix Naef. He is working on chromatin accessibility in the circadian context in mouse liver, using next generation sequencing approaches. Enjoying teamwork he is president of the Swiss group of students of the international society of computational biology (ISCB-RSG Switzerland) and he intends to increase the accessibility of potential career opportunities in the domain of life science with BSNL. He likes martial arts, guitar playing and beers.

If you wish to get any help, please don't refrain from contacting me

== Contact Infos ==

* '''E-mail:''' jonathan.sobel'at'epfl.ch
* '''Skype:''' jonathanSobel1

== Current projects ==

* [[Projects:Impression 3D | Impression 3D]]
* [[Projects:Quantitative Antropology | Quantitative Antropology]]
* [[Projects:AGATA | AGATA]]
* [[Projects:Restorantome | Restorantome]]

== Skills to share ==
*Bioinformatics
*Statistics
*3D models
*programming

Projects:Impression 3D

2014-12-07T14:44:32Z

Jsobel:

== Impression 3D sous projets ==

=== molecules 3D===

=== Phage ===

=== Collaboration avec HEIG ===

=== Microfluidique ===

Projects:Impression 3D

2014-12-07T14:43:24Z

Jsobel: Created page with "== Impression 3D sous projets == === molecules 3D=== === Phage === === Collaboration avec HEIG === === Microfluidique ===="

== Impression 3D sous projets ==

=== molecules 3D===

=== Phage ===

=== Collaboration avec HEIG ===

=== Microfluidique ====

User:Jsobel

2014-12-07T14:30:37Z

Jsobel: /* Current projects */

== Biography ==

===Jonathan Sobel===

After finishing his Master degree in ‘Proteomics and Bioinformatics’ at the University of Geneva in 2011 on endometriosis biomarkers, Jonathan decided to go in the field of computational biology. His PhD project is part of the CycliX project founded by the SystemsX initiative. He is working in the Computational Systems biology lab at EPFL under the supervision of Prof. Felix Naef. He is working on chromatin accessibility in the circadian context in mouse liver, using next generation sequencing approaches. Enjoying teamwork he is president of the Swiss group of students of the international society of computational biology (ISCB-RSG Switzerland) and he intends to increase the accessibility of potential career opportunities in the domain of life science with BSNL. He likes martial arts, guitar playing and beers.

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== Contact Infos ==

* '''E-mail:''' jonathan.sobel'at'epfl.ch
* '''Skype:''' jonathanSobel1

== Current projects ==

* [[Projects:Impression 3D | Impression 3D]]
* [[Quantitative Antropology]]
* [[AGATA]]
* [[Restorantome]]

== Skills to share ==
*Bioinformatics
*Statistics
*3D models
*programming

User:Jsobel

2014-12-07T14:21:44Z

Jsobel: Created page with "== Biography == ===Jonathan Sobel=== After finishing his Master degree in ‘Proteomics and Bioinformatics’ at the University of Geneva in 2011 on endometriosis biomarkers..."

== Biography ==

===Jonathan Sobel===

After finishing his Master degree in ‘Proteomics and Bioinformatics’ at the University of Geneva in 2011 on endometriosis biomarkers, Jonathan decided to go in the field of computational biology. His PhD project is part of the CycliX project founded by the SystemsX initiative. He is working in the Computational Systems biology lab at EPFL under the supervision of Prof. Felix Naef. He is working on chromatin accessibility in the circadian context in mouse liver, using next generation sequencing approaches. Enjoying teamwork he is president of the Swiss group of students of the international society of computational biology (ISCB-RSG Switzerland) and he intends to increase the accessibility of potential career opportunities in the domain of life science with BSNL. He likes martial arts, guitar playing and beers.

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== Contact Infos ==

* '''E-mail:''' jonathan.sobel'at'epfl.ch
* '''Skype:''' jonathanSobel1

== Current projects ==

* [[Impression 3D]]
* [[Quantitative Antropology]]
* [[AGATA]]
* [[Restorantome]]

== Skills to share ==
*Bioinformatics
*Statistics
*3D models
*programming